방주 내의 동물들은 배설물들로부터 발생된 메탄, 이산화탄소, 암모니아 등의 가스 때문에 고통을 받았는가? 이러한 생각은 방주가 세로 한 규빗(45cm) 정도의 작은 창이 하나만 있었다고 오해함으로서 생긴 생각이다. 그러나 이것은 방주의 크기를 생각해 볼 때 상식적으로 말이 되지 않는다. 창 6:16에는 "거기 창을 내되 위에서부터 한 규빗에 내고 그 문은 옆으로 내고 상 중 하 삼층으로 할지니라"라고 되어 있는데 창문의 개수는 알 수가 없다, 성격학자인 벤 유리(Ben-Uri)는 방주의 창은 처마밑으로 길게 연속적으로 나있는 구조일 것이라고 하였다. 이 구조는 실제 많은 동물들을 사육하는 농장에서 사용하는 창의 형태이다. 높이 13.5m의 공간에 위로부터 45cm의 크기로 연속적으로 나 있는 창은 양돈장, 양 우리 등의 창의 크기와 비교하거나, 바다에서의 비교적 빠른 바람, 온도 유지, 방주 내 동물 수 등을 고려하여 볼 때 매우 적합한 크기인 것으로 조사되었다.
또한 외부의 신선한 공기의 유입을 위해서 방주의 중간 중간에는 천장으로부터 연결된 공기유입관들이 설치되어 있었을 것이다. 그리고 창과 공기유입관들은 필요에 따라 개폐나 크기가 조절될 수 있는 구조였을 것이다. 방주 내가 동물들의 배설물의 냄새로 고통을 받으며, 산소부족으로 숨쉬기도 힘들었을 것이라는 생각은 노아의 방주를 비판하는 사람들의 과장으로 인한 오해인 것이다.
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미국 아리조나 로데시아 지역의 동굴이나 협곡에는 사람이 그려놓은 공룡의 그림이 발견되었고, 멕시코 원주민이 남겨 좋은 흙으로 만든 토상에는 사람과 공룡이 같이 조각되어 있었으며, 중국과 동남아 일대에는 용에 대한 많은 전설이 남아있으며, 잉카제국의 도자기에는 여러 공룡의 그림들이 그려져 있었으며, 미국 팔룩시 강변에는 사람과 공룡의 발자국이 같이 화석으로 남아있는 것이다. 더욱 놀라운 것은 성경도 7000만년 전에 멸종한 것으로 여기고 있는 공룡에 대해서도 상당한 면을 할애해서 아주 상세하게 기록하고 있었음이 밝혀졌다.
욥기 40장 15절부터 41장 전체에 걸쳐 등장하는 소같이 풀먹는 하마와 악어는 원어로는 베헤모쓰와 리워야단인데, 공룡의 화석들이 대대적으로 발견된 최근에 와서야 이 구절에 설명하고 있는 동물이 하마와 악어가 아니라, 육지공룡과 바다 공룡을 설명하고 있었음을 알게 되었던 것이다. 욥은 대략 BC 2000년경에 살았으며, 공룡의 존재가 화석을 통해 알려진 것은 불과 150여 년 전이다. 어떻게 7000만년 전에 멸종했다는 공룡을 욥이 상세히 묘사할 수가 었었겠는가? 즉, 공룡도 7000만년 전에 멸종된 것이 아니라 인간과 함께 살아왔던 동물이라는 것이다.
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다른 동물을 잡아먹고 사는 육식동물들은 방주 내에서 무엇을 먹고 살았을까? 한 쌍의 동물들만 들어갔는데 육식동물이 잡아먹고 나면 그 종은 멸종되는 것인가? 먹기 피라미드 아래에 있는 동물들은 잡아먹히기 위해서 방주에 승선했는가?
앞에서 언급했지만 동물들의 육식이 홍수 후에 시작되었다고 본다면 이것은 아무런 문제가 되지 않는다. 또한 동물들의 육식이 홍수 전에도 있었다고 하더라도 방주에 탄 동물들의 상당수가 동면에 들어가 있었을 경우에도 별 문제가 되지 않는다.
그러나 이 모든 경우가 아니더라도 그들을 위한 먹이의 준비가 불가능한 것은 아니다. 우드모라페(Woodmorappe)는 오늘날의 육식성 동물들을 모두 조사하여 방주에 탄 육식동물의 수를 7목(order)의 약 2000마리 정도로 추산하였는데, 이들 육식동물이 홍수 기간 동안 필요한 먹이를 332톤으로 계산하였다(전체 사료의 1.6정도). 물론 육식동물들이 방주에 탄 동물들을 잡아먹게 하는 일은 절대로 없었을 것이고 냉장고도 없는 상태에서 며칠 후면 썩어버릴 고기를 아무런 가공처리 없이 준비하였을 리도 없다. 노아가 이런 준비도 없이 방주에 동물들을 태울 정도로 바보가 아닌 것이다. 사실 이러한 부분을 비판하는 사람들은 대부분 고의적이고 악의적으로 성경을 비판하는 자들이다. 고기들은 철저히 말려서 건조된 상태에서 준비되었을 것이고, 고기, 내장, 피, 밀기울, 곡식가루 등으로 케이크를 만들어 말린 후 비스킷처럼 제공되었을 것이다. 실제 이러한 먹이는 많은 사냥꾼들이나 동물원에서도 오늘날 사용하고 있는 방법인 것이다. 또한 많은 물고기나 해산물들이 소금에 절여지거나 말려져서 준비되었을 것이고, 어쩌면 일부 공간에서 개구리나 달팽이 같은 것들이 먹이용으로 사육되었을지도 모른다. 그리고 설치류와 같이 임신기간이 짧아 방주 내에서 태어난 많은 동물의 새끼들 중 일부는 먹이로 제공되었을 가능성이 매우 높다.
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