1800년대 미국을 배경으로 진행되어지는 이 이야기는 대대로 가문의 남자들이 젊어서 죽는 저주받은 가문의 남자인 조셉 허친슨으로부터 시작된다. 조셉 허친슨의 첫 아이가 태어나던 날, 조셉은 어릴 때부터 그가 기도하던 다락방으로 올라가서 기도하기 시작한다. 다락방은 조셉에게 있어 행운을 주는 방이었고, 마음의 평안을 주고 소원을 이루어주는 신비한 힘을 가진 곳이었다.
조셉은 작은 농장을 일구고 있었지만, 그가 스스로 결정한 인생이 아니었다. 어머니가 일찍 돌아가시면서 그의 인생은 농장이 결정해 버렸고, 그의 삶을 억누르는 족쇄와 같은 것이었다. 조셉에게는 늘 허친슨가의 사람들이 가졌던 저주의 어두운 주름살이 끼어 있었다.
그의 아내 미리엄은 얼마 뒤, 두 번째 아이를 출산하게 된다. 하지만 단란했던 가정은 얼마가지 못했다. 미리엄이 그레이스와 그의 딸 로즈를 돌보다가 병을 얻게 되었고, 병세가 계속 깊어만 갔다. 병세가 나아질 기미가 없자 조셉은 다시 다락방을 찾았다. 다시금 자기에게 불안한 운명이 다가오는 것에 대해 “나 말고 다른 사람을 데려가라”고 고함을 치며 두려움과 분노를 쏟아낸다.
조셉의 노력에도 불구하고 미리엄은 죽고, 설상가상으로 농장이 진 빚 때문에 집을 비워야 할 상황이 오게 되었다. 조셉은 더욱 절망하게 되었고, 그가 간절히 원하던 기도가 응답되지 않은 것에 대해 다락방에 대한 커다란 배신감으로 다락방의 잡동사니들을 내동댕이친다. 그때 우연히 가족 비망록을 발견하게 된다.
집을 비우기 위해 정리를 하다가 조셉은 다락방에서 기도상자를 발견하게 된다. 그 기도상자에 들어 있는 노트는 그의 조상인 말라기가 쓴 것으로 소원을 이루는 상자의 비밀에 대해 적은 것이었다. 조셉은 아이들과 함께 기도상자의 비밀을 읽게 되고, 가문의 역사에 얽힌 이야기를 듣게 된다.
말라기가 들려준 기도상자의 첫 번째 비밀은 기도상자를 믿고 스스로 결정하되, 무엇보다 소원은 나를 통해 이루어진다는 것을 믿으라는 것이었다. 첫 번째 비밀을 알게 되자, 조셉과 아이들은 자신들의 기도를 담아 종이에 써서 기도상자에 넣게 된다. 그리고 그 기도는 서서히 응답이 이루어지는데, 은행장인 찰리를 통해서 이루어진다. 찰리는 그가 차압하려고 했던 조셉의 할아버지가 그의 할아버지를 위험에서 구해준 사실을 듣고서는 조셉을 돕기로 결심하게 된다.
그리고 기도상자의 두 번째 비밀은 소원은 그 소원에 귀 기울이고 있을 때 이루어진다는 것이었다. 찰리는 조셉에게 그의 집 보수공사를 맡기게 되었고, 일은 잘 풀려가는 듯했다. 그리고 그레이스와 그의 딸 로즈와 함께 기도상자의 세 번째 비밀을 읽게 되는데, 소원은 내가 모든 것을 기쁨으로 받아들일 때 이루어진다는 것이다.
그런데 찰리와의 약속이 빨리 이루어지지 않자 조셉은 실망하게 되고, 다시 절망하게 된다. 하지만 응답이 이루어지지 않은 것이 아니라 늦어진 것이었고, 찰리는 그의 마차가 사라라는 여자 아이를 치는 바람에 그녀를 간호하느라 늦었다는 이야기를 듣게 된다. 조셉은 소원이 귀 기울이고 있을 때 이루어진다는 것을 깨닫게 된다.
가까워진 찰리와 조셉은 사라를 위해, 그리고 모든 가난한 아이들을 위해 장난감 은행을 열기로 계획하고 일을 추진하기로 한다. 그 사이 조셉은 그레이스가 마을의 의사와 친하게 지내는 것에 대해 질투하게 되고, 그레이스에 대한 연모의 마음은 깊어져간다. 사라의 꿈과 제안에 따라 장난감 은행 축제 계획이 세워지고 조셉은 허친슨 공방에서 아이들과 함께 즐겁게 장난감을 만들었다. 드디어 크리스마스 이브 날, 축제의 밤이 열리고 수많은 아이들과 사라, 그리고 조셉의 가족과 그레이스의 가족, 찰리의 가족은 행복한 크리스마스 축제를 보내게 된다.
이듬해 부활절, 사라는 이미 죽고, 사람들은 모여서 기도상자의 열쇠를 미리엄의 무덤 곁에 파묻었다. 그들 모두에게 기도에 대해 응답이 이루어졌고, 기도상자의 세 비밀대로 소원이 이루어졌음을 발견하게 된다. 그리고 함께 모여 노트를 읽었다. 말라기는 마지막으로 기도상자가 힘을 발휘하도록 애쓸 필요가 없으며, 단지 내버려두기만 해도 된다는 비밀을 알려 준다.
조셉은 증손녀 데보라를 위해 말라기의 노트에 덧붙여 글을 완성한다. 그리고 세 가지 비밀 외에 한 가지 비밀이 더 있다고 써놓는다. 그후 70년이 지난 어느날, 조셉의 후손인 클레어 로즈는 인생에서 가장 힘든 시기에 이 기도상자를 발견하게 되고, 네 번째 비밀이 수천 명의 목숨을 구하게 된다.