이야기의 시작은 세 명의 동방박사들로 시작한다. 각각 다른 곳에서 계시를 받은 박사들이 섭리적으로 한 장소에 모여 자신들이 어떻게 별을 보고 여기까지 오게 되었는지를 이야기한다. 그들은 함께 베들레헴으로 가서 아기 예수를 만나 후, 각자의 지역으로 돌아간다.
상황은 바뀌어 예루살렘에서 두 청년이 만나다. 하나는 명망 있는 로마 군인 가문의 메살라이고 하나는 역시 명망 있는 유다 귀족 가문의 벤허이다. 어릴 때부터 친구였던 그들이지만, 메살라가 로마 군사 학교에서 공부하고 오자 그는 투철한 로마의 세속적 정신을 소유하게 되고, 이로써 벤허와 갈등을 빚는다. 마침 예루살렘의 총독이 바뀌는 새 총독 취임일에 벤허는 옥상에서 군사 행렬을 구경하다가 우연히 벽돌을 총독의 몸에 떨어뜨리게 된다. 그것으로 벤허 집은 수색과 폭행을 당하게 되는데, 이에 앞장선 인물이 메살라다. 그는 벤허의 간곡한 부탁을 거절하고, 그 가족을 잡아가면서 재산을 몰수, 총독에게로 귀속시킨다. 간신히 벤허의 유모인 몸종만 살아남는다.
어머니와 누이동생은 이름 모를 감옥으로 끌려가고 벤허는 노예선을 타게 된다. 노예선을 타기 위해 끌려가는 도중 나사렛이라는 마을에서 청년 예수를 만나, 그에게서 물을 얻어 마시며 지친 기력을 보충한다.
그 후 벤허는 해적선 무리를 소탕하는 임무를 띤 집정관의 배에 노예로 승선한다. 항해 중 집정관은 벤허가 예전에 죽은 자기 친구 벤허의 아들임을 알게 되고, 전투 중 물에 빠져 죽을 뻔한 위험에 처했을 때 벤허의 도움으로 목숨을 구한다. 그 후 벤허는 집정관의 양아들이 되어 아리우스라는 이름으로 새 삶을 살게 된다.
벤허는 군이 되어 또 다른 전투에 참가하기 위해 사령관 부대에 합류하러 가던 중 안티오크로 가서 이전의 가노였던 시모니데스를 만난다. 시모니데스는 벤허의 아버지 사업을 맡아 이끌던 사람으로서, 아버지 벤허가 죽고 아들 벤허도 행방불명이 되자 주인의 가업을 잘 간수해 오고 있었다. 벤허는 어머니와 누이동생의 행방을 알기 원했으나, 대신 시모니데스와 그의 딸, 그리고 동방에서 온 부호 일드림 족장 및 벨타사르와 그의 딸을 만난다. 벨타사르는 이집트인으로서 아기 예수를 찾아왔던 동방박사 중 한 명이었다.
그리고 벤허는 거기에서 메살라를 만나며, 일드림 족장의 도움으로 전차 경기에 출전하여 메살라를 향한 복수의 칼을 간다. 전차 경기는 꽤 거칠게 진행되었다. 메살라는 비열한 방법으로 경쟁자들을 추락시켰다. 하지만 결국 벤허가 승리하고 메살라는 크게 다쳐 불구의 몸이 된다. 설상가상으로 내기에도 져 빈털터리가 된다.
이후 벤허는 유대 땅으로 돌아오는데, 어머니와 누이동생을 찾는 목적도 있었지만, 그보다는 유대의 독립을 위한 무장투쟁을 일으킬 목적이 컸다. 그는 많은 군사들을 훈련시키고, 그리스도를 왕으로 옹립하기 위한 계획을 세웠다. 그러나 그가 본 그리스도는 병든 자를 치유하고 가난한 자들과 함께하며 사랑을 설교하는 분이었다.
한편 총독이 바뀐 후 벤허의 어머니와 누이동생은 극적으로 지하 감옥에서 석방된다. 하지만 이미 나병 환자가 되어 있었고, 그들은 벤허를 보고도 아는 체하지 않고 성 밖 무덤가에 살게 된다. 어느 날 그리스도가 지나가는 길목에서 어머니와 누이동생은 그리스도를 만나 나병을 치유 받게 되고, 그곳에서 벤허와 상봉한다.
벤허는 계속 그리스도를 쫓아다니며 그를 설득할 기회를 노린다. 하지만 그때쯤 그리스도는 병사들에게 붙들린다. 유월절 축제로 유대인들이 모여든 그날 밤, 그리스도는 체포되어 심문받는다. 벤허는 그리스도를 구출하려고 노력했지만, 그는 거절했다. 그리고 다음 날 골고다 언덕에서 십자가에 못 박힌다. 벤허를 따라 전쟁을 일으키려던 많은 사람들은 흩어졌다. 벤허는 그리스도가 정치적인 왕이 아니라 사랑의 왕이심을 깨닫는다. 그때 벤허는 개인적 복수와 무장 폭동에 대한 마음을 완전히 접고 새로운 사람으로 거듭난다.
이제 모든 것이 안정이 되었다. 벤허는 옛 지위를 찾았고, 어머니와 동생도 집을 찾았다. 시모니데스의 딸 에스더는 벤허의 아내가 되었다. 하지만 이 책의 마지막 장면은 단지 이들의 행복으로 끝나지 않는다. 그즈음 네로가 다스리던 로마에서는 큰 박해가 있었고, 벤허는 자신의 부를 로마에서 박해받는 그리스도인들을 위해 쓰기로 작정한다. 벤허와 에스더는 로마의 카타콤베로 떠난다.