『종묘의궤』는 총 4책으로 구성되어 있으며, 제1책에는 범례(凡例)와 도설(圖說), 2, 3, 4책에는 종묘와 관련된 각종 제도와 사건 기사들을 수록했다.
제1책은 종묘영녕전전도(宗廟永寧殿全圖), 종묘일간도(宗廟一間圖), 종묘오향대제설찬도설(宗廟五享大祭設饌圖說), 종묘속절삭망설찬도설(宗廟俗節朔望祭設饌圖說), 칠사제설찬도설(七祀祭設饌圖說), 종묘시용등가도설(宗廟時用登歌圖說) 시용헌가도설(時用軒歌圖說), 종묘시용보태평지무도설(宗廟時用保太平之舞圖說) 시용정대업지무도설(時用定大業之舞圖說), 종묘등가도설(宗廟登歌圖說) 헌가도설(軒歌圖說), 종묘문무도설(宗廟文舞圖說) 무무도설(武舞圖說), 종묘제기도설(宗廟祭器圖說), 종묘등헌가악기도설(宗廟登軒架樂器圖說), 정대업지무의물도설(定大業之舞儀物圖說), 제복도설(祭服圖說), 왕세자면복(王世子冕服), 문무관관복(文武官冠服), 공인관복도설(工人冠服圖說) 등 16개 항목으로 구성되어 있다.
종묘영녕전전도는 종묘 정전과 영녕전의 전경을 그린 것으로 범례에서 밝혔듯이 창건 초기의 모습이 아니라 현종대까지 증축된 모습이다. 공신당과 칠사당 등 주요 부속건물의 구조와 위치 등도 이 그림을 통하여 알 수 있다. 종묘일간도는 종묘 내부의 모습과 친제시 왕과 수행원의 위치 등을 상세히 그린 것으로 『국조오례의』에는 없지만 첨가한 것이다. 또 종묘제례의 설찬, 음악, 문무와 무무, 제기, 제복 등을 그림을 통해 자세하게 기록하고 있다.
제2책은 묘제(廟制), 창건(創建), 중건(重建), 각실위판제식(各室位版題式), 주제(主制), 조주식(造主式), 상시(上諡), 묘호(廟號), 각실위호(各室位號), 부묘, 세실(世室), 조천 등 12개 항목으로 구성되어 있다.
종묘 제도로부터 종묘의 창건과 중건, 신주에 왕과 왕비의 휘호를 기재하는 의식절차, 신주에 관련한 내용인 주제, 신주를 제작하는 방식인 조주식, 시호와 묘호에 관련한 사항, 각실의 위호 서차와 내용, 왕과 왕비의 3년상을 마치고 신주를 종묘에 조상과 함께 모시는 국상의례의 마지막 절차인 부묘, 종묘에 영원히 모시는 신위인 불천지위(不遷之位)에 관한 논의를 찾아 정리한 세실, 5세가 지나 영녕전으로 옮겨지는 조천지위와 관련한 기록인 조천 등을 수록했다.
제3책은 복위(復位), 추숭(追崇), 추부, 추상존호(追上尊號), 가상존시(加上尊諡), 제향(祭享), 친제(親祭), 묘현(廟見), 삭망속절(朔望俗節), 악장(樂章) 등 10개 항목으로 구성되어 있다.
복위는 소릉(昭陵, 단종의 어머니인 현덕왕후의 능)과 단종(端宗) 복위에 관한 내용을 담고 있으며, 성종의 생부인 덕종(德宗)과 인조의 생부인 원종(元宗)의 추숭에 관한 논의를 뽑아 정리한 추숭, 신덕왕후(神德王后, 태조 계비) 부묘에 관한 논의를 소개한 추부, 정종의 묘호를 올리는 일에 관한 논의 과정을 정리한 추상존호, 태조와 태종의 시호를 추가로 올리는 일에 대해 찬반 논의가 벌어졌던 과정을 정리한 가상존시, 종묘 제사에 관한 기록인 제향, 주로 왕실의 큰 행사 후 종묘에 아뢰는 예에 관한 기록인 묘현, 1625년(인조 3) 이괄의 난 직후 중지했던 종묘의 삭망제사를 부활할 것을 청하는 내용을 간단히 다루고 삭망과 속절에 종묘에서 지내는 제사의 의식절차를 덧붙인 삭망속절, 종묘 제례악의 절차와 악장의 가사(歌詞) 등을 자세히 싣고 이어 악장과 악기(樂器)?용악(用樂)에 관한 기록을 정리한 악장 등의 내용으로 이루어져 있다.
제4책은 이환안(移還安), 섭사의(攝事儀), 기고종묘의(祈告宗廟儀), 축폐(祝幣), 희생찬품(犧牲饌品), 철찬(撤饌), 천신(薦新), 봉심(奉審), 수개(修改), 수보의장(修補儀章), 책보(冊寶), 변례(變禮), 도변(盜變), 칠사(七祀), 배향(配享), 금벌(禁伐), 고사(故事), 관원(官員), 수직(守直), 수복(守僕), 제향진공각사물목(祭享進供各司物目) 등 21개 항목으로 구성되어 있다.
종묘의 신주를 임시로 다른 곳으로 옮기거나 또는 다른 곳에 모셨던 신주를 다시 종묘로 옮기는 의식과 관련한 사실을 정리한 이안과 환안, 종묘대제를 왕이 아닌 다른 사람이 대신 올릴 때 행하는 의식인 섭사의, 종묘에 와서 빌거나 고할 때 행하는 의식인 기고종묘의, 축문과 폐백, 종묘대제와 삭망제 등을 지낼 때 차려놓는 제수와 불을 밝히는 데 사용하는 등촉(燈燭)과 정료(庭燎) 등에 대해서 정리한 희생찬품, 종묘 제사를 마치고 제수를 치우는 일에 관련한 철찬, 종묘에 바치는 철 따라 새로 나오는 물건들을 월별로 기록하고 천신의 시기, 새로 바치는 짐승의 수량과 포획 장소, 각도에서 중앙으로 수송할 때의 문제점, 천신을 마련하는 과정에서 생기는 민폐 등 다양한 내용들을 다룬 천신, 왕명을 받들어 종묘나 왕릉 등을 살펴보는 봉심, 종묘 수리에 관한 기록을 모아놓은 수개, 종?의 의장문물(儀章文物)에 관한 수보의장, 어책(御冊)과 어보(御寶)에 관한 책과 보, 전쟁 등 갑작스런 상황의 변화가 종묘에 영향을 미친 경우들을 정리한 변례, 종묘 물건을 도둑맞은 사건을 정리한 도변, 칠사당에서 제사지내는 일곱 신과 그 신들이 담당하는 일을 서술하고 축문과 의식절차를 덧붙인 칠사, 태조·태종·세종·세조·성종·중종·선조·인조·효종·현종의 배향공신을 차례로 열거하고 공신 배향과 관련한 기록과 논의들을 정리한 배향, 벌목에 대한 금령을 담은 금벌, 종묘와 얽힌 일화를 정리한 고사, 종묘를 담당하는 관원과 그 수를 기록하고 각자의 임무를 규정한 서중규례(署中規例)를 덧붙인 관원, 종묘 숙위(宿衛)에 관한 수직, 종묘의 잡일을 담당하는 수복에 관한 내용인 수복, 종묘 제사를 지낼 때 각 관사에서 준비하는 물품을 세세히 기록한 각사진공물목 등이다.
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