1962년 대남공작원으로 남파되었다가 체포되어, 남한에서 26년째 비전향 장기수로 수형 중인 김영식. 육군 방첩대로부터 중앙정보부, 국가안전기획부를 거친 유재열은 어린 시절부터 친구였던 영식과 가족들의 특별 면회를 주선한다. 미국에 살던 영식의 여동생 영애는 양심과 사상의 자유도 없이 비인간적인 대접을 받는 오빠의 모습에 충격을 받고, 국제사면위원회를 통해 영식과 그가 북에 두고 온 가족들을 위해 구명 운동을 벌인다.
한편, 혁명 열사의 유가족으로서 비교적 우대를 받고 자라 온 영식의 딸 김지숙은 어머니가 돌아가시자 외로움과 악화되는 경제 사정으로 인해 중국 조선족 마을의 이모에게 가서 1년여 동안 지낸다. 영애로 인해 김지숙의 문제가 외교 문제화될 조짐을 보이자 북한 국가보위부 리형철 대좌는 지숙의 신병을 확보하기 위해 중국에까지 사람을 보낸다. 보위부에 의해 영문도 모른 채 북으로 송환되던 지숙은 북에서 탈출한 권장혁에 의해 우연히 살인 사건에 말려들어 그와 함께 쫓기는 신세가 된다. 장혁은 한국전쟁 때 국군 포로로 북에 억류되어 평생 귀향을 꿈꾸던 아버지 대신 남한으로 망명하려는 탈북자이다. 북에서 탈출한 뒤, 베이징으로 향하던 장혁은 투먼(圖們)의 식당에서 곤경에 빠진 지숙을 구하기 위해 북한 보위부원 두 명을 죽이게 되고 북한 수사 당국은 두 사람의 행방을 쫓기 위해 사력을 다한다. 장혁의 의협심과 지숙의 용의주도함, 그와 더불어 둘 사이에 싹트기 시작한 애정의 힘으로, 두 사람은 베이징에 이제 막 생긴 한국대사관에 가까스로 당도한다. 그러나 북의 사주를 받은 마약 조직 흑사회의 방해로 망명에 실패한 그들은, 중국과의 수교를 위해 베이징에 와 있는 한국의 안기부 김석기 참사 덕분에 위기일발의 순간을 모면하고 다시 도주를 감행하게 된다.
서로 사랑을 확인한 두 남녀는 식당, 막노동, 노점상 등으로 홍콩으로의 도주 비용을 벌어 가며 정착과 유랑 생활을 반복한다. 항상 간발의 차로 추적을 따돌리며 상하이, 후저우(湖州), 우한(武漢)으로 들어가지만 홍콩으로의 잠입에 실패하고 중국 윈난성 최남단의 라오스와 미얀마 국경 지역인 징훙(景洪)으로 들어간다. 타이족의 극진한 대접과 도움을 받아 미얀마에서 어둠을 틈타 밀림 지역을 지나던 중 지숙이 발을 잘못 디뎌 벼랑에서 떨어진다. 척추를 다쳐 움직일 수 없게 된 지숙을 마약 군벌 쿤사의 펑자젠 장군에게 맡긴 장혁은 남한에 무사히 망명해서 꼭 데리러 오겠다는 약속을 남기고 홀로 떠난다. 한편 한사코 전향을 받아들이지 않던 남한의 영식은 어머니의 죽음과 딸의 탈출 소식에 전향하고 출소 후 지숙의 안전한 귀국만을 기다린다. 그러나 지숙과 장혁의 소식을 전해 듣는 영식과 재열은 안타까움만 더해 간다.
미얀마 주재 한국 대사관에 들어가려던 장혁은 국경침입죄로 인세인 형무소에 수감되지만 그곳에서 장기 복역 중이던 아웅산 폭파범 강민철의 도움으로 한국대사관의 민영기 참사를 만나게 된다. 그러나 대북 관계와 관련된 국익 문제로 대한민국에는 들어갈 수 없다는 통보를 받고 절망한다. 조국에 원한을 품게 된 장혁은 펑자젠 장군에게 돌아가 냉혹한 용병으로 생활한다. 한편 안기부를 퇴직하고 미국계 연구기관인 동아시아평화재단의 부소장으로 근무하면서 극비 프로젝트인 KU-2000을 준비하고 있던 유재열은 지숙과 장혁이 처한 상황을 파악하고 마약 담당 형사 출신인, 장혁의 사촌형 태혁을 끌어들여 그들을 구하기 위한 계획을 세우고 홍콩으로 간다.
마약 밀매 조직 구축을 위해 홍콩을 누비던 장혁은 북한 보위부의 리형철 일당에게 감금된 쿤사의 동료를 구출하기 위해 시내에서 총격전을 벌이고 그곳에서 태혁 일행과 극적으로 상봉한다. 이들의 도움으로 지숙이 안전하게 상하이에 도착하자 장혁은 아버지를 구해 내기 위한 교환 조건으로, 김정일 비자금 조성을 위해 세워진 광명성무역회사에서 강탈한 비밀서류로 협상을 시작하고 지숙은 수술을 위해 먼저 한국으로 간다. 그러나 광명성무역회사 사장인 박순경으로부터 오랜 감금 생활로 아버지가 사망하였다는 소식을 듣게 된다. 시신을 인도받은 장혁은 한국으로 출국하려고 하지만 리형철의 방해때문에 마약거래혐의 등으로 일급 수배령이 내려져 포기하고 비밀서류를 이용해 리형철을 숙청시킨 후 재열의 만류에도 불구하고 극비 프로젝트(KU-2000)에 동참하기로 결정한다.
미국 CIA의 지원을 받는 재열이 두만강을 통해 북한으로 들어가 함경북도 일원의 국경 경비를 관할하는 조선인민군 16군단장을 만나면서 베일에 가려졌던 KU-2000이 서서히 모습을 드러내게 된다. 이는 중국과 러시아에 흩어져 살고 있는 북한 주민들과 탈북자들로 구성된 반 김정일 세력 규합체인 조선구국동맹이 인민군 16군단과 연합하여 북한의 주요거점을 공략하는 한편, 김정일을 제거함으로써 휴전선에서의 남북간 무력충돌로 빚어질 엄청난 인명 피해를 방지하면서 북한의 정권을 교체하려는 시도이다. 그러나 김정일의 제거는 실패하고 마는데...