1932년 네덜란드 네이께르크에서 태어났으며, 1957년에 예수회 사제로 서품을 받았다. 심리학을 공부한 그는 인간의 고난을 더 깊이 이해하고 싶어 1964년에 미국으로 건너가 메닝거연구소에서 공부했다. 30대에 노트르담대학교에서 객원교수로 심리학을 가르쳤고, 신학을 공부한 뒤에는 예일신학대학원에서 학생들을 가르쳤다.
존경받는 교수이자 학자로서의 헨리 나우웬의 삶의 행보는 1981년을 기점으로 큰 변화를 맞게 된다. 그는 ‘하나님 사랑’에 빚진 자로서 거룩한 부담감을 안고 페루의 빈민가로 떠나 한동안 그곳 사람들과 함께 지냈다. 이후 다시 대학 강단으로 돌아와 3년간 하버드신학대학원에서 강의를 맡았으나 그는 더 이상 이 같은 삶에서 영혼의 안식을 얻지 못했다. 1986년, 마침내 그는 새로운 부르심에 순종하기로 결정했다. 그리고 1996년 9월에 심장마비로 소천하기 전까지 10년 동안 캐나다의 발달장애인 공동체인 라르쉬 데이브레이크에 살면서 예수 그리스도를 따르는 삶을 몸소 보였다.
깊은 말씀 묵상과 기도 생활에서 나온 그의 압축된 문장들은 수많은 이들을 깊은 영성의 세계로 초대했다. 《공동체》, 《예수의 길》, 《마음의 길》, 《삶의 영성》, 《귀향의 영성》, 《돌봄의 영성》, 《두려움에서 사랑으로》, 《영적 발돋움》, 《영성 수업》, 《상처 입은 치유자》, 《예수님을 생각나게 하는 사람》, 《춤추시는 하나님》, 《영혼의 양식》, 《예수님의 이름으로》(이상 두란노) 등의 수작이 지금도 전 세계 독자들을 찾아가고 있다.
