<1회>
존의 꽃가게를 찾아온 한 불청객, 후안. 마약에 찌들에 배달을 원한다며 횡설수설하는 그를 쫓아낸 존은 늘 그렇듯 샌드라의 방문으로 하루를 시작한다. 후안은 한 고등학교의 대형 총살극을 일으킨 고등학생에게 마약을 판 것에 충격을 받아 밀매상을 고발하려고 마음을 먹은 마약 밀매 조직의 조직원이었던 그는 결국 밀매 조직원들에게 납치를 당한다.
FBI 요원 샌드라는 그 납치된 조직원을 쫓아 밀매 조직의 뒤를 밟고, 존 역시 그를 구해 내기 위해 최첨단 무기인 컴웨어를 장착한 채 그를 쫓을 준비를 하는데..

<2회>
존은 후안을 잡아가 죽이려는 마약 밀매 조직을 소탕하고 그곳에서 매복하고 있던 FBI 요원 샌드라와 맞닥뜨리지만, 존을 알아보지 못하는 샌드라에게 존은 미안하다는 말만 하고 떠난다.
한편 대형 사고로 번진 존의 행동을 AEC의 사장 찰스턴이 조용히 무마해 준다.

<3회>
아침 산책을 하던 존은 그 곳에서 자신의 죽은 과거 연인 수영을 꼭 닮은 고급 환락가의 레이디 그레이스를 만나게 되고, 그녀로 인해 잊고 싶었던 과거를 떠올리게 된다.
고민을 하던 존은 그녀를 구해 내기 위해 뉴욕의 고급 환락가로 돈 많은 한량으로 위장하여 들어가고.. 그 곳에서 자신의 연기를 더욱 실감나게 해 줄 고급 창부 미셸을 만나게 된다.

<4회>
팜 파탈로 향하는 존을 찾아온 AEC의 직원 헬렌.. 존을 만류하려 하지만 존의 뜻을 꺾을 수 없음을 알고 그레이스의 정보를 존에게 넘겨 준다.
결국 팜파탈로 들어가 그레이스를 만나게 된 존. 하지만 그 곳은 단순한 환란 업소가 아님을 알게 된다.

<5회>
간신히 그레이스를 구하고 다시 레드 릴리로 돌아오게 된 존은, 자신의 과거를 캐던 중
이상한 점을 발견한 샌드라의 방문을 받게 되고..
존을 마음에 두고 있는 샌드라는 제발 자신에게 과거를 정직하게 얘기해달라고 하지만, 존은 차갑게 거절한다.

<6회>
왕쳉과 데이비드, 존은 왕쳉의 조카 왕밍과 함께 캠핑을 하고.. 왕쳉은 존에게 중국 마피아 조직 트라이어드의 보스 후보 왕밍을 신변을 부탁한다.
한편 AEC의 용병을 그만두고 국제적 암살자로 활동 중인 이치로에게 죽은 줄로만 알았던 존의 과거의 연인 마그엘이 찾아와 특별한 부탁을 하게 된다.

<7회>
이치로는 우연히 존의 모습을 보게 되고, 2004년도 아프가니스탄의 전쟁에 대해 회상한다.
한편 샌드라는 다시 존을 찾아와 자신이 존에게 사랑을 느끼고 있음을 고백하고, 존 역시 샌드라를 마음에 두고 있으나 과거 자신 때문에 죽음을 당한 연인들을 생각하고 차갑게 돌아선다.
그리고 그날 밤, 괴롭게 술을 마시고 있는 존에게 이치로의 전화가 걸려오는데…

<8회>
한편 한국에서 제작한 브로드웨이 뮤지컬을 취재하기 위해 뉴욕 행 비행기를 탄 추미선과 박기윤 기자. 비행기 안에서 추미선은 12년 전 우연히 이진후(존)의 연쇄 살인 사건에 휘말렸던 기억을 떠올리며 그를 생각한다. 그리고 추미선의 동료 기자로 위장하고 있었던 국정원 요원 박기윤에게는 브로드웨이 뮤지컬 공연장을 폭파하라는 지시가 내려진다.

<9회>
신문 기자로 위장한 FBI 요원 샌드라, 케빈과 함께 술을 마시던 추미선은 건너편 술집에서 존을 발견하고 쇼크 상태에 빠지게 되고, 이런 미선을 납치해가는 정체 불명의 사람들 때문에 샌드라는 위기 상황을 직감한다.
한편 AEC의 알파 기지에 추미선이 와 있다는 연락을 받은 존은 쇼크 상태에 빠져 누워있는 추미선을 바라보며 그녀와 관련된 과거를 떠올리는데…

<10회>
12년 전 존은 수영의 죽음과 자신의 복수극이 모두 AEC의 치밀한 테스트였다는 사실을 알게 된 기억, 그 뒤 AEC의 암살자로 활동한 기억 등을 추억하고..
그러던 중 깨어난 추미선과 재회를 하지만 차갑게 돌아선다.
그리고 존은 자신이 어찌 할 수 없는 AEC의 거대한 작전에 휘말리게 된다.

<11회>
취재를 위해 브로드웨이 뮤지컬 공연장으로 들어온 샌드라, 케빈, 그리고 추미선..
한편 존은 샌드라와 통화 후 샌드라와 추미선이 함께 있다는 것에 왠지 모를 불안함을 느끼고 공연장으로 달려가던 중 충격적인 장면을 목격한다.

<12회>
병실에 누워있는 존을 찾아온 CIA 윌리스 도넘 국장은 AEC 사장 찰스턴이 반란을 일으켰다며 존을 사장으로 세우고 싶어한다.
처음엔 거부하던 존도 샌드라, 추미선의 개입과 지금까지 일어났던 모든 사건이 AEC의 철저한 계획임을 알게 된 후 결국 찰스턴에게 맞서 싸울 것을 결심한다.
그렇게 결국 존과 AEC의 전쟁은 시작되게 된다..