1861년 에도(江戶)에서 다카사키 한시의 아들로 태어났다. 동경외국어대학교(1874)를 거쳐 삿포로 농업대학(1877)에 입학, 거기서 처음 기독교를 접했고 세례까지 받았다. 졸업 후 잠시 농상무성(農商務省) 관리로 있다가 미국 유학을 떠나 애머스트(Amherst) 대학에서 기독교 역사, 히브리어, 헬라어, 서양사 등을 공부했으며 졸업 후 하트포드 신학교에서 신학 공부를 했다. 1888년 소명을 품고 귀국한 그는 니가타 현의 호쿠에쓰 가칸 학교에서 교편생활을 시작했다. 1891년 제일고등중학교에서 가르치던 중 천황의 ‘교육칙어’(敎育勅語)를 불경시(不敬視)했다는 이유로 교직을 떠나야 했으며, 이 때부터 본격적인 저술 활동에 들어가 주옥같은 저작들을 쏟아 냈다.

한때 그는 월간 <성서연구>를 통해서 신앙과 기독교 정신에 입각한 애국과 정의에 관한 견해를 펼쳤으며, 이러한 사상은 김교신과 함석헌에게로 이어져 <성서조선>의 창간에 영향을 미쳤다. 특히 기성 교회가 지나치게 의식적이고 조직에 얽매여 있으며 신학에 사로잡힌 나머지 그 본래의 생명성을 잃어버렸다고 판단, 무교회주의를 주창하며 성서 연구 중심의 기독교 복음 운동을 전개했다. 1930년 몰(歿).