프롤로그. 보이지 않는 생명이 세계를 설계하는 방식

1장. 미생물 도시의 첫 번째 지도
1절. 병원균이라는 좁은 이름의 한계
2절. 세포보다 관계가 먼저 보이는 세계
3절. 숫자로 보이는 보이지 않는 규모
4절. 제거보다 균형이 중요한 이유

2장. 장 속에서 일어나는 작은 경제
1절. 음식이 미생물의 일감이 되는 경로
2절. 섬유질과 대사산물의 거래 구조
3절. 장벽·면역·신경을 잇는 신호망
4절. 프로바이오틱스보다 생활 리듬이 먼저

3장. 흙 아래의 공장과 은행
1절. 뿌리 주변의 미생물 시장
2절. 질소와 탄소를 돌리는 토양 회계
3절. 비료 의존을 낮추는 생물학적 통로
4절. 항생제의 고향이 내성의 현장이 되는 역설

4장. 바다를 숨 쉬게 하는 플랑크톤 회로
1절. 산소의 절반을 만든 작은 생산자
2절. 탄소를 붙잡는 해양 먹이망
3절. 적조와 녹조가 보내는 균형 붕괴 신호
4절. 위성으로 읽는 바다 미생물의 계절표

5장. 공기 중을 떠다니는 보이지 않는 교통
1절. 먼지와 물방울에 실린 생명
2절. 실내 공간이 미생물 군집을 바꾸는 방식
3절. 환기·습도·청소의 균형 감각
4절. 공기 미생물을 공포가 아니라 흐름으로 보는 시선

6장. 발효는 오래된 생명공학
1절. 김치와 된장 속 미생물 분업
2절. 산도와 소금이 만든 안전한 경계
3절. 맛을 바꾸는 효소와 대사산물
4절. 정밀 발효가 여는 새로운 식품 공장

7장. 항생제 내성은 생태계 문제
1절. 약이 듣지 않는다는 말의 실제 의미
2절. 병원과 농장과 하수처리장을 잇는 경로
3절. 내성 유전자가 이동하는 방식
4절. 원헬스가 필요한 이유

8장. 바이러스와 박테리오파지의 조절자 역할
1절. 바이러스를 병원체로만 보는 오해
2절. 파지가 세균 군집을 조절하는 원리
3절. 유전자 이동이 도시의 규칙을 바꾸는 순간
4절. 파지 치료의 기대와 한계

9장. 공생과 경쟁이 만든 도시 질서
1절. 서로 먹이고 억제하는 미생물 관계망
2절. 바이오필름이라는 공동주택
3절. 다양성이 안정성을 만드는 조건
4절. 무너진 군집이 다시 자리 잡는 경로

10장. 데이터로 읽는 보이지 않는 생태계
1절. 배양접시 밖으로 나온 유전체 분석
2절. 메타게놈이 보여 주는 기능의 지도
3절. 상관관계와 원인관계를 가르는 기준
4절. 개인 맞춤 미생물 정보의 가능성과 경계

11장. 미생물 기술의 현실과 경계
1절. 프로바이오틱스와 포스트바이오틱스의 구분
2절. 미생물 비료와 생물농약의 실전 조건
3절. 폐수·폐기물·오염 정화의 생물학
4절. 과장 광고와 과학적 근거의 경계선

12장. 함께 사는 행성의 운영 원리
1절. 멸균보다 관리가 중요한 시대
2절. 인간 건강과 토양 건강을 잇는 공통 언어
3절. 기후변화 속 미생물 네트워크의 변화
4절. 미생물과 함께 사는 생활·산업·정책의 기준

에필로그. 작은 생명과 함께 사는 감각