한국 정부는 독도 영유권에 대한 확고한 신념을 보이기 위해 전투경찰을 철수시키고 해병대를 독도에 투입한다. 어느 날, 일본 극우파 회원들이 독도에 상륙해 독도의 일본 영유권을 주장하며 자결한다. 이 일로 일본의 여론이 들끓는다. 그런데 일본 극우파의 자결 과정을 현장에서 지켜보아야 했던 해병대원들이 뜻하지 않게 사건에 휘말린다.

한·일 양국 정상은 독도 영유권에 대한 양국의 여론이 비등하자 이를 잠재우기 위해 제주도 정삼회담에 합의한다. 헌병대에 끌려가 고초를 겪는 척했던 네 명의 해병대원들은 일본의 관심이 다른쪽으로 쏠리자 휴가를 얻어 제주도로 향한다. 한편 해병대 출신이자 주인공인 창훈은 파리에서 미술 활동 중인 아내의 귀국을 피해 여행을 떠난다. 창훈 역시 최종 목적지로 제주도를 삼는다.

북한의 군부는 김정일의 개방우선정책으로 위기감을 느낀다. 이 와중에 과거 강경 군부에 의해 숙청당했던 개방파와 경제통들이 속속 권력의 중심부로 돌아온다. 군부의 위기감과 불만은 한층 고조되고 암암리에 모종의 조치가 취해진다. 즉 이전에 남한으로 귀순했던 김한일이 남한의 고정간첩에 의해 살해당하는 사건이 벌어졌다. 하지만 이 사건은 남북한 양측 수뇌부의 필요에 따라 암암리에 묻혀지고 남북의 거리감을 꾀하려던 군부는 더욱 곤경에 처한다.

더 큰 자극이 필요하다고 여기 북한군 수뇌부는 한일정상회담이 열리는 제주도로 특수요원들을 파견키로 한다. 이 계획은 철저히 비밀에 부쳐진 가운데, 비밀 특수부대 내에서는 최정예 요원들이 선발되어 강도 높은 훈련에 돌입한다. 이런 사실을 전혀 머르는 남한의 특수부대, 즉 해병대 특수수색대는 거의 같은 시기에 지옥주 훈련을 실시한다.

특별휴가를 얻은 네 명이 해병들이 포항과 부산을 거쳐 제주도로 도착한다. 이 가운데 김 상병은 가는 곳마다 말썽을 일으켜 홍진기 소대장의 애간장을 태운다. 창훈은 해병대 시절 절친한 동료이자 친구인 석찬의 기일에 맞추어 제주도에 도착하고 서귀포에는 창훈의 친구이자 해병대 출신인 철근과 해병대 선배인 홍현수가 함께 제사를 지내기 위해 기다리고 있다. 이 자리에서 창훈은 친구 석찬의 죽음과 관련된 오랜 자책감을 비로소 털어버린다. 단란주점에서 네 명의 해병대원과 창훈을 위시한 세 명의 예비역 해병들이 우연히 만나게 되고, 이들은 같은 해병대원들로서의 진한 동질감을 맛본다.

창훈은 마지막 여행지인 마라도로 떠난다. 작전 당일 밤, 무사히 마라도에 상륙한 북한 저격여단의 특수부대원들을 창훈이 우연히 목격하게 된다. 이 사건은 서귀포에 남아 있던 홍현수에 의해 상급부대로 긴박하게 전해지고 신고를 접한 대간천본부는 포항에 훈련 중이던 해병대 특수수색대에 출동명령을 내린다. 한편 북한 군부의 동태를 예의 주시하던 북한의 개방파들은 모종의 작전이 진행 중임을 정보망에 흘린다.

결국 포항의 해병대 특수수색대가 마라도로 기급 출동하고, 마라도와 제주도 등지에서 접전이 벌어지는데…….