서울대학교 국제경제학과를 졸업하고 서울대학교 한국정치연구회 지도간사, 서울대학교 기독교문화연구회 사회과학 지도간사 등을 하면서 한국문제에 대한 연구를 진행하였다. 이론적 편향이 심한 한국 사회에서 마르크스 경제학과 근대 자본주의 개방 경제를 함께 연구하면서 한국 문제에 접근해 왔다. 그 연구를 기반으로 서울대학교 상대 졸업논문 최우수상(1988)을 수상하였다. 그 후 한국외국어대학교에서 <디지털 재화에 대한 연구>로 경제학 박사학위(2003)를 받았다. 교육인적자원부 지방대학 육성위원을 역임하고 한국싸이버대학(38개 대학 컨소시엄) 창립멤버였으며, 국민 경제자문회의 '지역균형 발전기획단'에 전문가로 참여하였다. 문화관광부 정책자문위원, 문화관광부 민족문화원형 발굴사업단 자문위원 등을 지냈다. 주요 저서인 『인터넷비즈니스 원론(2002)』는 정진기 언론문화 출판상 후보작, 한국간행물윤리위원회 가을추천도서로 선정되기도 하였다. 지난 10여 년간은 주로 중국의 동북공정에 맞서는 고대사 연구에 매진하였다. 현재 동양대학교 교수(국제통상학과)로 재직 중이다.

2004년 1월부터 인터넷신문 〈프레시안〉에 ‘삼국지 바로 읽기’를 연재해 10만여 명에 달하는 『삼국지』 마니아들 사이에서 열띤 논쟁을 불러일으켰다. 저자는 한국인이 널리 읽는 『삼국지』가 중화주의의 산물임을 밝혀냈을 뿐만 아니라 그 속에 감춰진 고구려 역사를 찾아냈다. 2006년에는 『대쥬신을 찾아서1,2』를 통해 우리 민족의 기원과 이동을 문헌적으로 고증하여 국사 교육의 패러다임을 바꿔야 한다는 방향을 제시한 바 있다. 이 책 역시 국내외에서 큰 반향을 일으켜 북방 유목민을 중심으로 한 한국사 인식에 많은 영향을 끼쳤다. 사학계는 북방사에 대한 보다 포괄적인 인식을 하게 되었고, 동이족 전반의 관계사에 대한 지평이 확대되었으며, 신라의 흉노 기원설이나 부여사의 종합적인 인식이 확대되고 있다. 몽골과의 친연성도 다시 체계적으로 깊이 있게 검토되고 있다. 『새로 쓰는 한일 고대사』는 2008년 인터넷에 연재한 것을 수정·보완하여 책으로 엮은 것이다. 이 책에서 저자는 수백 년에 걸친 한일 고대사의 여러 쟁점들을 해명하고자 했다. 2008년 이 글의 일부가 번역되어 일본 네티즌들 사이에서 많은 논란이 있었다.

이번 책 『왜 자본주의는 고쳐 쓸 수 없는가』는 세계사적인 체제(System) 위기를 맞아 새로운 패러다임에 대한 이해와 추적을 제기하고 그 해법을 모색하는 한편, 한국 사회의 극심한 좌우대립을 해소하기 위해서 인터넷 신문에 반년 이상 연재된 글이다.

어린 시절의 꿈은 '동사무소의 하급 공무원이나 하면서 아침 아홉 시에 출근하여 다섯 시면 퇴근하여 집에 돌아와 발씻고 침대에 드러누워 새벽 두 시까지 책을 읽는 것'이었다 한다. 책읽기는 그가 그토록 무서워하고 미워했던 아버지로부터의 유일한 탈출구였다.

학교를 싫어했던 그는 삼중당문고를 교과서 삼아 열심히 외국 소설을 독파했고, 군입대와 교련을 거부하는 '여호와의 증인'이라는 핑계로 드디어 1977년 성서중학을 끝으로 학교와의 인연을 끊는다. 그러나 1979년 폭력범으로 소년원에 수감되면서 그는 학교와 군대의 나쁜 점만 모아놓은, 세상에서 가장 몹쓸 지옥인 교도소 생활을 경험하게 된다. 이때의 경험은 「하얀몸」을 비롯한 그의 시의 바탕이 된다.

오랜 정신적 방황을 겪은 그는 박기영을 스승으로 삼아 시를 배우기 시작하여 마침내 1984년 무크지 『언어의 세계』에 「강정 간다」외 4편의 시를 발표하면서 작품활동을 시작한다. 이후 『시운동』동인으로 활동하면서 왕성한 시작 활동을 하였고, 1987년에는 희곡 「실내극」이 동아일보 신춘문예에 당선되면서 극작활동도 시작한다. 그리고 같은 해 시집 『햄버거에 대한 명상』으로 김수영문학상을 수상하고 연이어 시집 『길안에서의 택시잡기』를 발표하면서, 지금껏 문단에서 경험해본 적이 없던 '장정일'이라는 '불온한 문학'이 드디어 '중앙'에 입성했음을 알린다.

1988년 『세계의 문학』 봄호에 단편 「펠리칸」을 발표하면서 소설가를 겸업하기 시작한 그는 소설집 『아담이 눈뜰 때』(1990), 장편 『너에게 나를 보낸다』(1992), 『너희가 재즈를 믿느냐』(1994)를 연이어 발표하고 이 소설들이 모두 같은 제목의 영화로 만들어지며 '장정일'은 드디어 우리 문화의 뚜렷한 코드 상징으로 자리잡는다.

그러나 1996년 『내게 거짓말을 해봐』를 발간한 후 그가 파리에 있는 그의 아내인 소설가 신이현을 만나러 출국한 사이, 한국에서는 외설시비가 일어나고 자신의 소설이 작품성과는 상관없이 포르노로 규정받고 있던 그해의 마지막날, 장정일은 파리에서 자진 귀국하여 당당히 자신의 작품에 대해 변론한다. 그러나 영화 <거짓말>이 무죄판결을 받은 것과 대조적으로, 법원의 최종판결은 유죄. 그리고 또 한번의 구속으로 이어진다. 당시 그의 변호를 맡은 변호사 강금실은 후에, 『장정일 화두, 혹은 코드』라는 책에서 당시의 장정일과 재판에 대한 글 <장정일을 위한 변명>을 썼다.

그 사이 한국에서의 평가와는 달리 『내게 거짓말을 해봐』는 일본에서 발간되는 등 해외에서 더 호평을 받고, 그는 스스로 대표작으로 꼽는 『중국에서 온 편지』(1999)와 자전적 소설 『보트하우스』(2000)를 펴낸다. 그의 '독자 후기'를 모은 『장정일의 독서일기』도 5권까지 펴내며 그는 지금 대구에서 평생 소원인 책읽기와 재즈듣기로 하루를 보내고 있다고 한다. "머리같이 쓸데 없는 데서는 한푼이라도" 아끼기 위해 노모가 바리깡으로 직접 깎아주는 빡빡 머리와 헐렁한 골덴 바지 그리고 청색 면 티 차림을 하고.