사람을 죽여 가죽을 벗겨 가는 엽기적인 살인 사건이 한, 중, 일 3국에서 벌어지는 가운데, 경복궁 복원공사를 책임진 도대목 이정수가 가죽이 벗겨진 피살체로 발견된다. 이 때부터 미궁 속에서 한국과 일본의 뿌리 깊은 역사적 관계에 토대를 둔 한 사건이 점차 거대한 음모를 드러낸다. 그와 함께 '블랙 아이언'이라는 소나무만을 집중적으로 죽이는 신종 해충이 나타나 관계자들을 긴장시킨다. 한국수사진은 11군데나 되는 전국 곳곳의 살인 장소를 분석한 결과 지도에 일(日)자라는 선명한 글자가 나타나자 이 사건의 배후가 일본임을 확신하게 된다.
이 두 사건이 일본 문화원에 근무하는 도로코 유키요시라는 수상한 인물이 일으킨 사건이라는 것이 밝혀지면서 사건은 일본현지로 번져 나간다. 도대목 이정수는 죽기 전까지 조선태조가 후대에 궁을 복원 할 때 쓰라며 심었다는 '태조의 왕목'을 찾아 전국의 산야를 헤맸으며, 이를 찾아 공사중인 궁의 기둥들로 갈아 끼우기 위해 위험한 변칙공법을 사용했다는 것이 밝혀지면서 국내는 발칵 뒤집힌다.
여기에 '블랙아이언'이 일본의 저명한 곤충학자가 유전자 합성으로 우리나라 소나무를 말살시키기 위해 만들어 한국에 상륙시킨 것이란 사실이 밝혀지면서 사건은 더욱 커져 간다. 도대목 이정수의 조카로 국립임업연구소의 연구원인 이용진 박사는 소나무와의 대화를 연구하고 소나무 또한 해충들에 맞서 독성분을 합성해 내 뿜거나 송진 등으로 해충을 죽이는 자체 방어력을 갖고 있다는 사실을 바탕으로 소나무의 방어 능력을 촉발시켜 블랙 아이언을 퇴치하는 방법에 골몰한다.
사람을 죽여 살가죽을 벗겨 가는 사건을 전담한 X-1153 수사본부의 김현호 검사는 수사진을 이끌고 일본으로 건너가 본격적으로 수사에 착수한다. 이 수사에는 노련한 퇴역수사관 윤대녕과 이정수의 막내 아들 이인석이 합류한다. 엽기적 살인사건의 주범이 일본의 마지막 전통 다이묘인 가쓰오 성 고모리나오스케와 연결되면서, 일본 극우파의 소행임이 서서히 드러난다. 사건을 일으킨 이유는 풍신수길이 심었다는 일본의 느티나무 신목을 살리기 위해 40명의 생명을 바쳐야 한다는 주술적 필요 때문이었다. 또한 블랙아이언의 침투는 이 신목과 적대되는 태조의 왕목을 없애고 고사한 느티나무 신목을 살려내려고 한 것이 그 이유였다.
일본정신의 상징으로 일본정계와 경찰들의 비호까지 받는 고모리 군주일당과 맞서 한국수사진은 사력을 다하나 역부족으로 하나씩 살해 당한다. 그러나 살아 남은 수사진들은 후시미 성으로 이주한 고모리 일당을 뒤쫓고 이 과정에서 후시미 성 밑에 지은 거대한 비밀 핵무기기지의 존재가 드러나지만 내부 분열로 그 기지는 영원히 땅속으로 사라지고 만다. 마침내 소나무와 언어소통에 성공하자 그 소나무들의 인도로 태조의 왕목이 기묘한 지형에 감추어진 채 600년을 자라온 사실이 이용진 박사에 의해 발견되면서 소나무들의 저항력 강화로 블랙 아이언들은 거의 전멸 당한다.