1927년 9월 23일 평안남도 진남포에서 태어났다. 감리교 신학교, 한국신학 대학 대학원 미국드류 대학교 등에서 공부하였고, 스위스 바젤 대학 신학부에서 기독교와 불교 간의 대화를 주제로 박사학위를 받았다. 감신대 대학원장과 신학대학 학장직을 역임하였고, 조직신학회 회장 및 한국기독교 공동학회 회장직을 수행하였다. 세계 종교인 평화회의, 크리스천 아카데미 모임을 통해 종교간 대화 원리를 몸소 실천하였으며, 종교다원주의 신학 사조를 소개하고 체계화 하는 데 많은 공헌을 하였다. 신학 분야의 세계 석학들과도 깊은 교제를 나누었고, 이웃 종교인, 학자들로부터 바르고 참된 좋은 목사님으로 칭송되었으나, 정작 그가 속한 감리교회로부터는 이단 시비에 말려 출교 당하는 아픔을 겪기도 했다.

1992년에는 30여 년 간의 교수 생활을 접는 정년 은퇴를 제자들의 안타까움 속에서 맞이하였고, 마음의 고통을 승화시키며 학자의 길을 정리하다가, 1995년 8월 8일 너무도 갑작스럽게 하나님의 품에 안기셨다. 변선환 박사의 저서, 역서 및 논문 목록은 은퇴기념 논문집 『종교다원주의와 한국적 신학』(한국신학연구소, 1992)에 실려 있으며, 소천 후 남긴 장서를 보관하고 그의 유고를 정리할 목적으로 한국 신학계 최초로 변선환 아키브를 만들어 제자들의 학문의 장으로 이용하고 있다.

변선환 아키브에서는 추모 1주년 되는 1996년 8월에 변선환 신학에 대한 연구 논문집인 『변선환 종교신학』을 펴냈고, 그를 기점으로 4년 간 유고 논문 일체를 7권 전집으로 한국신학연구소에서 출판하였다. 전집 내용은 다음과 같다: 1권 『종교간 대화와 아시아 신학』(1996), 2권 『불교와 기독교의 만남』(1997), 3권 『한국적 신학의 모색』, 4권 『요한 웨슬레 신학과 선교』(1998), 5권 『그리스도론과 신론』(1998), 6권 『현대신학과 문학』(1999), 7권 『현대 문명과 기독교 신앙』(1999).