이야기의 시작, 눈동자의 집
큰불로 아빠 엄마를 잃고 하루아침에 고아가 된 보들레어 가의 삼남매 바이올렛, 클로스, 서니. 유언 집행자인 포 아저씨는 갈 곳 없는 삼남매를 낯선 친척 집에 맡긴다. 삐딱하게 기울어진 건물, 금지된 방, 살아 번득이는 듯한 눈동자로 가득 찬 집에서 삼남매를 맞이하러 나온 이는 텁수룩한 수염과 일자 눈썹, 발목에 새긴 눈동자 문신이 소름끼치는 올라프 백작이었다. 자신들의 유산을 노리는 올라프 백작의 흉계와 악몽 같은 시련 속에서 삼남매는 올라프 백작과의 위험한 첫 대결을 시작한다.

자, 이제 '파충류의 방' 안으로 들어가 보자!
『파충류의 방』의 무대는 파충류 학자인 새로운 후견인 몽티 삼촌의 집이다. 제목에서도 알 수 있듯, 몽티 삼촌의 집에는 '파충류의 방'이 있다. 온갖 무시무시하고 끔찍한 파충류들이 살고 있는 방이다. 날개 달린 두꺼비, 머리가 둘 달린 도마뱀, 입이 세 개인 뱀, 그리고 죽음의 맹독성 살무사와 악마의 코브라…….
올라프 백작의 손아귀를 가까스로 벗어난 보들레어 가의 삼남매가 새로 맡겨진 곳이 바로 이곳 몽티 삼촌의 집이다. 그런데 뜻밖에도 새 후견인인 몽티 삼촌은 자상하고 인자하기 그지없다. 그리고 삼촌의 집에는 아이들의 호기심을 잔뜩 채워주는 파충류의 방이 있다. 몽티 삼촌은 새로운 파충류들을 찾기 위한 '페루 탐사 여행'에 삼남매도 데려가주겠다는 제안까지 해서 불행한 삼남매를 행복에 달뜨게 한다. 그럼 이번에는 해피 엔드? '마음은 아프지만 보들레어 가 삼남매의 불행한 이야기를 쓸 수밖에 없다'던 작가의 굳센 의지가 겨우 2권에서 꺾일 수는 없는 일! 행복한 순간은 아주 잠깐일 뿐이다.
몽티 삼촌의 새 연구 보조원이라는 '스테파노'가 나타나면서 '파충류의 방'에는 검은 그늘이 드리워진다. 서서히 고개를 드는 불행의 기운. 또다시 꼬리에 꼬리를 물고 일어나는 악몽 같은 사건들. 소름이 오싹 돋는 죽음의 맹독성 살무사, 괴이하고 무시무시한 악마의 코브라, 계획된 사고에 감춰진 살의 번득이는 음모, 의문의 죽음, 그리고 눈앞에 다시 나타난 바로 그 사람!

식인 거머리떼가 득시글거리는 눈물샘 호수의 세번째 대결
삐딱하게 기울어진 '눈동자의 집'에서 시작된 올라프 백작과의 대결은 죽음의 맹독성 살무사와 악마의 코브라가 있는 '파충류의 방'을 지나 죽음의 거머리떼가 득시글거리는 눈물샘 호숫가 '조세핀 숙모의 집'에 다다랐다.
보들레어 가 삼남매가 세번째로 맡겨진 집은 겁쟁이 조세핀 숙모의 집. 그러나 절벽 위에 아슬아슬하게 매달린 그 집은 꽁꽁 얼어 죽을 것처럼 춥다. 까마득한 아래로는 검푸른 호수가 넘실거리고 한번 먹이를 물면 절대 놓지 않는 거머리떼가 득시글거린다. 아이들의 운명이 절대 행복하지 않을 거라는 조짐을 보여주는 폭풍 예고까지!
그러나 아이들을 힘들게 하는 것은 그게 다가 아니다. 언제 덮칠지 모르는 올라프 백작의 손길과 정다웠던 부모님과의 옛 추억. 스토브 켜는 게 무서워서 음식을 데우지 않고 라디에이터가 폭발할까 봐 난방을 하지 않고 감전될까 봐 전화를 받지 않는 겁쟁이 조세핀 숙모와의 동거가 늘 아이들을 불안하게 한다. 게다가 고리타분한 문법 공부까지.
외다리 선장의 등장, 숙모의 자살과 수수께끼 유언장에 얽힌 엄청난 비밀, 음지의 동굴에서 들려오는 흐느낌. 삼남매는 올라프 백작의 음흉한 계획에서 무사할 수 있을까?

수상한 제재소의 악몽
삐딱하게 기울어진 '눈동자의 집', 악마의 코브라가 스멀거리는 '파충류의 방', 그리고 죽음의 거머리떼가 득시글거리는 눈물샘 호숫가 '조세핀 숙모의 집'. 삼남매가 거쳐가는 곳마다 올라프 백작은 검은 손길을 뻗쳐왔고 공포와 죽음의 그림자를 드리웠다.
보들레어 가 삼남매는 다시금 네번째 후견인이 운영하는 '행운의 향기 제재소'로 위험한 여정을 시작한다. 그러나 14년 동안 한 번도 열리지 않았던 제재소 문을 두드린 순간, 삼남매는 돌이킬 수 없는 악몽 속으로 들어서고 만다.
쉴 새 없이 밀려드는 일감과 껌 하나로 때워야 하는 점심, 시가 연기로 얼굴을 가린 몰인정한 후견인과 최면술로 치료하는 눈 모양의 안과 병원, 그리고 눈동자 무늬 스타킹을 신은 이상한 접수원, 주전자를 두드리며 아이들을 괴롭히는 현장감독. 그러나 최악의 불행은 올라프의 꼭두각시로 변해 버린 클로스. 안과에 갔던 클로스에게 무슨 일이 있었던 것일까? 찰스 아저씨에게 돌진하는 톱날 기계를 멈출 수 있는 건 클로스뿐! 클로스를 최면에서 깨울 그 한 단어는?

세상에서 가장 끔찍한 학교에서 펼쳐지는 위험한 대결!
보들레어 가 삼남매의 이번 정착지는 '장엄근엄 사립 기숙 학교'. 묘비처럼 생긴 학교에서 아이들은 또다시 험난한 역경을 헤쳐나가야 한다. 곰팡잇물이 뚝뚝 떨어지고 게가 득실거리는 오두막에서의 생활, 괴상하기만 한 수업 시간, 게다가 교감 선생님의 끔찍한 바이올린 연주까지…….
힘든 학교 생활 중에서도 보들레어 가 삼남매는 자신들과 비슷한 처지의 쿼그마이어 쌍둥이와 친구가 되어 모처럼 작은 행복을 맛보지만, 새로 온 징기스 체육 선생의 음흉한 눈빛과 맞닥뜨린 순간, 그 행복은 여지없이 깨져 버린다.
물론 징기스 선생은 변장한 올라프 백작이다. 이제 보들레어 가 삼남매는 쿼그마이어 쌍둥이의 힘을 빌려 징기스 선생의 정체를 폭로하고, 그의 속셈을 알아내야 한다. 어둠 속에서 빛나는 트랙 원, 징기스 선생의 끊임없는 호루라기 소리. 과연 고·달·프·다 프로그램의 진짜 목적은 무엇일까?