준은 프리랜서 작가인 엄마와 단 둘이 살고 있다. 준은 자신에게 '보헤미안' 기질의 유전자만 남겨놓고 사라진 존재에 대해 근원적인 그리움으로 거리를 배회한다. 그를 눈여겨 본 웅이 속한 일진회 선배들이 준을 낙산으로 끌고 가 신고식을 치른다. 그때부터 웅은 준에게 찰거머리와 같은 존재가 된다.
준은 공부보다는 소설이나 영화에 관심이 많다. 0교시에 책을 읽다 담임에게 혼나고 체육 시간에 교복을 입은 채 나갔다 무단 구타를 당한다. 담임인 똥통은 준이 일진회원이라는 것을 못마땅해 한다. 모진 매에 견디다 못한 준이 무심코 때리는 똥통을 밀친다. 거구의 담임이 운동장에 넘어지고 만다. 급기야 똥통은 준에게 자퇴를 요구한다.
자퇴서를 내고 학교를 나오며 준은 회색벽돌을 바라본다. 문제아로 찍힌 준에게 학교는 감옥이었다. 꿀꿀한 마음으로 공원에 들어서자 일찍이 자퇴를 한 웅이 나타난다. 둘은 마로니에 공원에서 밤이 깊도록 술을 마신다. 새벽안개가 온 공원에 뽀얗게 내려앉을 즈음에, 그들의 아지트 앞에 흐물거리는 물체가 어른거렸다. 웅은 무작정 노숙자를 때렸다. 게다가 노숙자가 힘들게 구한 손자에게 줄 엠피쓰리까지 빼앗았다. 준은 마지못해 폭행에 가담했다.
새벽에 현장에서 잡힌 준과 웅은 은빛 팔찌를 차게 된다. 이때부터 '우리들의 수칙'이 적용되는 순간이다. 웅과 사고치는 현장에 있게 되면 누구나 초범이 주범이 되어야 하는 무서운 음모. 준은 그 수칙을 지킨 대가로 웅보다 더 많은 형을 살아야 한다. 그토록 두렵던 7호 처분을 받아 소년원으로 송치된다.
하지만 준은 '분홍벽돌집'이라 칭하는 '안양소년예술학교'에 수감되면서 새로운 세상을 만나게 된다. 그 곳에서 마로니에 공원 아지트 이웃이었던 모델 지망생 수경과의 사랑의 감정에 불꽃이 튄다. 하지만 세상은 그리 녹록치 않다. 자신의 닉네임인 '가시엉겅퀴'로 같이 영화를 만들자던 수경이 어느 날, 병원으로 실려 간 뒤부터 새순이 돋던 준의 삶에도 다시 어둠이 드리운다.
하지만 감옥에서 만난 멘토 '털보 선생' 을 통해 준은 '가시엉겅퀴' 영화로 청소년영화제에 작품을 출품하게 된다.

수경은 텔레비전 리모컨만이 친구인 백수 아버지와 시장에서 반찬 장사를 하는 엄마와 공부벌레인 언니가 있다. 수경보다 조금 더 머리가 좋을 뿐인 언니에게 엄마, 아빠는 모든 걸 기대하고 있다. 엄마, 아빠는 공부만이 신분 상승의 지름길이라고 믿고 있다.
다행히 수경은 몸이 명품이다. 수려한 외모 때문에 길거리 캐스팅을 많이 받게 된다. 홍대 앞에서 캐스팅한 기획사 실장에게 사기를 당한 수경은 학원 빚을 갚기 위해 더욱더 많은 '대어'를 찾아 나선다.
원조교제로 현장에서 체포된 수경의 길은 험난하다. 경찰이 전화를 하자 아빠는 절도죄나 폭행죄로 잡혀 갔다면 면회를 갈 수 있지만 성매매법에 걸린 딸은 절대 찾아 갈 수 없다고 못을 박는다. 결국 수경은 단 한 번도 부모의 면회 신청을 받지 못하고 유치장을 거쳐 구치소, 노란 신호등인 감별소까지 가게 된다. 거기서 좋은 평가서를 써 준다는 조건으로 상담사에게 성 거래를 제의 받게 된다.
수경은 비로소 자신의 몸에 대해 깊이 생각하게 된다. 특히 마로니에 공원 아지트 이웃일 때부터 호감이 갔던 준과 같은 공간에 갇혀 있는 상태에서 '거래'를 할 수는 없었다. 그 대가로 수경 역시 6호 처분을 받아 '안양소년예술원'으로 이감된다.
분홍벽돌집에서 영화반에 들어 간 수경과 준은 닉네임을 정하는 것에서부터 새로운 공부를 시작하게 된다. 둘 사이의 풋풋한 애정이 피어나는 순간이기도 하다. 그러나 언제부터인가 수경은 아랫배 통증에 시달린다. 거슬러 올라가 생각해 보니 손님들이 요구하는 '청정'지역을 고수하기 위해 노란 장갑을 사용하지 않는 대가로 병균이 몸에서 자라고 있었던 것이다. 수경은 많은 사람들이 자기를 예쁘다 하면서도 가까이 가서는 안 될 것처럼 바라보는 것을 보며, 자신의 닉네임을 '가시엉겅퀴'라고 정한다. 가시엉겅퀴는 보기엔 예쁘지만 만지면 끈적거리는 진도 나오고 가시도 많아 사람들이 가까이 하길 꺼려하는 꽃이다.
수경이 '클라미디아균에 의한 자궁 외 임신'으로 세상을 떠난 뒤, 준은 아프지만 수경의 마음을 담아 영화를 만든다.