대통령에 취임한 지 1년 만에 이사벨의 체중은 43kg으로 줄었다. 극도의 신경쇠약으로 고통 받고 있었던 것이다. 그녀는 어려운 국정을 감당하지 못해 군중 앞에서 자주 눈물을 보였다. 처음부터 자신의 신념과 의지라기보다는 남편의 후광으로 거대한 나라의 대통령이 되었기에 그녀는 그 짐을 짊어질 힘이 부족했던 것이다. 그녀에게는 인도의 인디라 간디나 이스라엘의 골다 메이어 같은 강인함도 없었고, 영국의 마거릿 대처 같은 철저한 신념도 없었던 것이다. 그리고 아일랜드의 메리 로빈슨처럼 국민의 전폭적인 지지가 있었던 것도 아니고, 칠레의 미첼 바첼레트처럼 정치적 수완이 뛰어난 것도 아니었다.
복지부장관의 과도한 보수정책과 경제부장관의 페소화정책 실패 등으로 경제는 파탄상태에 이르렀고, 물가를 잡기 위해 화폐 발행을 늘렸으나 인플레이션은 더욱 심해졌다. 급기야 정부의 경제정책 실패에 항의하는 폭동이 발생하여 국가는 거의 무정부상태에 이르렀다. 이사벨 정부는 국가 혼란을 수습하고자 계엄령을 선포했지만 상황은 더욱 악화되었다. 그리고 군부마저 그녀에게서 등을 돌렸다. 집권 내내 좌파 게릴라의 준동과 우파 암살단의 보복 테러 등으로 1천여 명의 정치인이 죽는 등 극도의 정국 혼란이 이어졌으며, 결국 1976년 3월 라파엘 비델라 장군이 주도하는 군부 쿠데타가 발생함으로써 이사벨은 대통령직에서 쫓겨났다.