비글 호가 8월 2일에 부에노스아이레스 항구로 들어갈 무렵, 항구를 경비하는 아르헨티나 군함이 다가오면서 비글 호에 공포탄과 실탄을 쏘았다. 영국에 콜레라가 발생했다는 소문이 돌았기 때문에 상륙하지 못하게 막았던 것이다. 비글 호에 있던 사람들은 일곱 달 동안 대서양에 떠 있었다는 것을 아르헨티나 해군에게 설명했다. 그러나 말이 잘 통하지 않았다.

그러자 함장은 '우리가 야만국가의 항구에 들어온 것을 몰랐다. 총을 또 쏘면 대포를 쏘겠다" 며 부에노스아이레스 항구를 빠져나와 몬테비데오로 돌아갔다. 함장은 그곳에서 만난 영국 순양함 드루이드 호 함장에게 그 사실을 말했고, 드로이드 호는 이에 항의하기 위해 부에노스아이레스로 향했다.

한편 비글 호가 몬테비데호에 도착한 다음 몬테비데오에서는 흑인 군인들이 폭동을 일으키는 사건이 발생했다. 이에 비글 호의 해군과 해병들이 한때 무장해 상륙했다가 다음날 배로 돌아오고 말았다. 함장은 질서를 유지하고 영국인들의 생명과 재산을 보호하기 위해 상륙했으나 사태가 나빠지면 중립을 지키기 어렵다는 것을 알았기 때문에 일찍 물러났던 것이다. 다윈은 그때 머리가 아파 배에 남아 있었다. 그러나 머리가 낫고 몬테비데오 시내가 질서가 잡히자 물에 올라가, 쥐 계통의 동물 가운데 가장 큰 동물인 카피바라와 다른 동물들을 채집했다.