베네치아 원수의 외손녀이자 키프로스 총독의 딸인 엘레나를 사랑하게 된 순박한 시골 청년 조반니. 그는 처음 본 순간 사랑에 빠진 엘레나를 다시 만나기 위해 고향을 떠난다.
길을 가던 중 우연히 목숨을 구해준 루나는 보름달에 비친 토끼의 내장을 보면서 조반니가 살인을 저지를 운명을 지녔다고 예언한다. “처음에는 질투 때문에, 두 번째는 두려움 때문에, 세 번째는 분노 때문에 사람을 죽이며, 네 명째 사람을 죽인다면 그것은 증오 때문일 것이다. 그러나 네 번째로 사람을 죽이는 순간 네 영혼은 영원한 저주를 받게 된다.”
베네치아로 향하던 도중 당대의 유명한 점성술사이자 식견 높은 철학자이기도 한 루치우스 스승과 피에트로를 만나 3년 동안 다양하고 깊이 있는 지식과 무술을 사사받는다. 교황에게 반드시 직접 전해야 한다는 스승의 편지를 갖고 길을 떠나지만, 복면을 쓴 괴한들이 조반니의 뒤를 쫓는다. 편지가 교황에게 전달되는 것을 막으려는 것이다.

베네치아에 도착한 그는 점성술사로 명성을 높이며 엘레나와 재회한다. 그리고 서로의 사랑을 확인한다. 그러나 질투로 인해 한 남자를 죽임으로써, 갤리선 노예로 끌려간 그는 간신히 탈출해 그리스의 수도원에 머무르게 된다. 그곳에서 성화 그리는 법을 배워 마리아의 성화를 그리지만, 묘하게 관능적인 조반니의 마리아 성화는 오히려 수도사들의 마음을 흩트려 놓는다.
시므온 현인을 찾아간 그는 마리아의 성화에 자신이 사랑한 엘레나의 모습을 투영시켰음을 깨닫는다. 조반니는 한 여인에 대한 기억과 육신의 욕망에서 벗어나기 위해 동굴에서 평생을 은거한 에프렘 성인의 뒤를 따르기로 결심한다. 그러나 40년 동안 동굴에서 홀로 수행하다 흔적도 없이 사라진 성인이 거룩하고 신비롭게 세상을 떠난 것이 아니라, 동굴이 무너지면서 흙더미에 갇혀 죽어간 사실을 발견한다. 이에 충격을 받은 조반니는 신앙을 버리고 다시 기나긴 방황을 시작한다. 그리고 이 과정에서 두려움 때문에 수도사를 죽이게 된다.

루치우스 스승이 머무르던 곳으로 찾아가지만, 이미 복면을 쓴 무리에게 살해당한 지 오래였다. 그곳에 머무르던 중 조반니는 지선의 동맹이라는 비밀조직과 마주하게 된다. 루치우스 스승과 피에트로를 살해한 그들이 교황에게 전하려는 편지를 빼앗기 위해 조반니의 뒤를 추적한 것이다. 편지에는 바로 예수의 점성이 담겨 있었다. 일당은 교회의 거룩한 교리를 멋대로 왜곡하고 우상을 숭배하는 타락한 교황들이 얼빠진 신봉자들과 이교도들의 실용서로 신앙을 더럽혔다고 주장한다. 루나의 도움으로 간신히 목숨을 구한 조반니는 수도원에서 치료를 받는 도중 비밀조직의 일원인 수도사를 발견하고는 살해한다. 극심한 분노감에 한순간 몸을 내맡긴 것이다.
조반니는 스승의 복수를 위해 비밀조직의 본부가 있는 예루살렘으로 가던 중 알제 사략선에 붙잡혀 노예가 된다. 알제에서 탈출을 시도하다 붙잡히지만, 유대인이자 카발라 철학자인 엘레아자르와 그의 딸 에스더 덕분에 자유의 몸이 된다. 그는 절망의 순간 에스더를 통해 새로운 사랑을 느끼고, 그 사랑 속에서 신앙심을 되찾는다. 참된 신앙을 되찾은 조반니는 마음에 새겨진 끈질긴 증오를 떨치고 스승과 친구를 죽인 ‘원수’를 기꺼이 용서한다! 그리고 자신을 불태움으로써 에스더와 뱃속 아이의 목숨을 구한다.