1863년 미국 버몬트 주 뉴헤이번에서 미들베리대학교 총장을 지낸 아버지 캘빈 헐버트와 다트머스대학교 창립자 후손인 어머니 메리 우드워드 사이에서 태어났다. 1884년 뉴햄프셔 주에 있는 명문 다트머스대학교에서 박사 과정을 이수했다. 헐버트 박사는 동서양을 꿰뚫는 천재적인 역사학자이자 정열적인 민권운동가로 유명하다. 1886년 소학교 교사로 초청을 받고 내한하여 육영공원에서 외국어와 역사를 가르쳤다. 1891년 육영공원 축소 운영으로 교사직을 사임하고 미국으로 돌아갔으며, 1893년 미국 감리교회 선교사 자격으로 조선에 돌아와 선교활동을 한다. 1905년 을사조약이 체결되자 한국의 독립을 주장하였다.

헐버트 박사는 고종의 밀서를 휴대하고 미국으로 돌아가 국무장관, 대통령과 면담하려 했으나 성사되지 못했다. 1906년 다시 내한하여 일본의 야욕과 한국에 대한 야만적 탄압 행위를 폭로하는 한편, 고종에게 헤이그로 밀사를 파견할 것을 건의하였다. 그는 한국 대표보다 먼저 헤이그에 도착해 ‘회의시보’에 한국 대표단의 호소문을 싣게 하였다. 대한민국 수립 후 1949년 국빈으로 초대를 받고 내한하였으나 노환과 여독으로 일주일 만에 타계하여 양화진 외국인 묘지에 묻혔다. 1950년 3월 1일 외국인 최초로 건국공로훈장 태극장을 추서했다. 헐버트 박사는 평소 “나는 웨스트민스터 사원보다 한국 땅에 묻히기를 소원한다”라고 말할 정도로 지극한 한국 사랑을 보여주었다.

저서에는『한국사, 드라마가 되다(헐버트 한국사)』,『대한제국 멸망사』,『대동기년』,『한국 견문기』등이 있다. 특히『한국사, 드라마가 되다』는 일제의 분서갱유로 인해 현재 남아 있지 않는 다수의 당대 사료들을 근거로 해서 충격적인 사실들을 풍부하게 소개하고 있어 역사를 사랑하는 사람들로부터 큰 관심을 불러일으키고 있다.