제1장 총론
1.1. 지침의 배경 및 목적
1.2. 지침의 내용

제2장 행정절차 및 제도규정
2.1. 지하수법 개요
2.2. 지하수 개발·이용의 허가 및 신고
2.3. 준공신고
2.4. 허가의 취소 등
2.5. 유출지하수의 이용
2.6. 굴착행위 신고
2.7. 원상복구 및 이행보증금 예치
2.8. 지하수 오염방지명령 등
2.9. 수질검사
2.10. 지하수개발·이용시설의 사후관리
2.11. 지하수자원확보시설의 설치
2.12. 지하수 보전구역 지정 관리
2.13. 지하수개발·이용시공업의 등록
2.14. 지하수영향조사기관의 등록
2.15. 지하수정화업의 등록
2.16. 지하수관리특별회계 및 지하수이용부담금
2.17. 벌칙

제3장 지하수 영향조사·심사
3.1. 개요
3.2. 지하수 영향조사 방법
3.3. 지하수영향조사서의 작성지침과 작성내용
3.4. 지하수영향조사서 심사
3.5. 영향조사 자료 입력방법
3.6. 지하수 영향조사 비용

제4장 지하수 이용실태조사
4.1. 지하수 이용실태조사 개요
4.2. 지하수 이용실태 조사 및 보고 방법
4.3. 지하수 이용량 산정요령
4.4. 새올행정 시스템(지하수개발)

제5장 지하수 불용공 관리
5.1. 일반사항
5.2. 불용공의 재활용
5.3. 불용공의 원상복구

제6장 지하수 기초조사 지침
6.1. 개요