결국 선천적인 자폐는 없는 것이다. 정상적인 눈맞춤 능력과 상호작용 능력을 갖추고 있다가 점차 눈맞춤 능력이 감소하며 상호작용 능력까지 소실되는 것이다. 결국 모든 자폐는 퇴행성질환이라는 것이다. 선천적인 자폐라고 오인되는 경우는 매우 빠른 조기 퇴행 양상을 보이는 것이다. 모든 자폐가 퇴행성질환이라는 사실은 자폐 치료에 엄청난 희망을 부여한다. 퇴행 메커니즘의 원인을 밝히고 퇴행을 방지할 수 있다면 자폐의 진행을 막을 수 있다는 것이다. 또한 한 걸음 더 나아가 퇴행이 가역적이라면 퇴행을 멈추는 것을 넘어 정상적인 수준으로 회복시키는 것도 가능할 것이다.
--- 「자폐는 정상범주로 치료할 수 있는 질환이다」 중에서

소아정신과 의사들은 진단 후 ASD 아동에게 치료 프로그램을 권유한다. 응용행동분석이라는 ABA 프로그램, 언어치료 및 감각통합치료가 대표적이다. 부모들은 자폐에 관한 이해가 부족하기에 의사들이 제시하는 치료를 하면 아이가 ASD에서 벗어날 것이라는 막연한 환상을 품는 경우가 대부분이다. 의사를 만나면 직설적으로 질문을 해보라. 3가지 치료를 열심히 하면 ASD를 벗어날 수 있는가? ASD 증세를 완화시킬 수 있지만 ASD를 벗어날 수는 없다고 답할 것이다. 그렇다! 3가지 치료를 아무리 열심히 해도 자폐 자체를 벗어날 수는 없다. 그러면 한 번 더 질문을 해보라. 완치까지는 아니라도 자신의 ASD 아동이 얼마나 호전될 수 있는지 예후를 이야기해달라고 부탁해보라. 의사는 아무런 확답을 주지 못할 것이다.
--- 「ASD 치료로 위장된 교육과 훈련들」 중에서

자폐스펙트럼장애는 바이러스 감염과 장내세균 불안정을 통한 퇴행성 중추신경계 질환이라는 것을 앞서 확인하였다. ASD는 단지 신경망의 퇴행에만 한정되지 않고 다양한 신체 대사 과정의 손상도 동반되어 나타난다. 이와 관련된 연구는 지금도 계속되며 점차 구체화되고 있다. 그러나 대사장애의 양상이 너무도 다양하며 광범하게 진행되기에 그 규모와 양상을 온전하게 과학적으로 이해하려면 아주 긴 시간이 걸릴 것이다. 이 장에서는 지금까지 확인된 대표적인 대사장애를 간단하게 다룰 것이다. ASD 아동에게 나타나는 소화장애, 간대사장애, 중추신경계의 인슐린 저항성, 항산화장애, 미토콘드리아장애 그리고 금속대사장애를 이해하는 것은 ASD 치료에 필수적이다.
--- 「자폐성장애에 동반되는 다양한 대사장애」 중에서

나는 이렇게 진행되는 닥터 토마토 프로토콜을 뇌면역영양 요법이라고 부른다. 즉 닥터 토마토 프로토콜은 첫째 한약 요법, 둘째 식이요법, 셋째 영양제 요법으로 구성되며, 이를 질환의 경중에 따라 종합적으로 중층적으로 적용하는 치료법이다. 자폐는 스펙트럼장애다. 원인도 다양하며 악화 과정도 중층적으로 형성되기에 나타나는 증세도 다양한 양상을 보이는 것이다. 이렇게 스펙트럼 양상을 띠는 질환은 단일한 요법만으로 접근해서는 치료에 성공하기 어렵다. 다양한 원인에 전면적으로 유효성을 보이려면 다양한 효과를 보이는 치료법을 통합적으로 적용하는 것이 유리하다. 닥터 토마토 프로토콜은 이런 문제를 해결을 위하여 3대 면역 영양요법을 통합적으로 실행한다.--- 「닥터 토마토 프로토콜」 중에서

닥터 토마토 프로토콜의 핵심 치료법은 한약(Herbal Medicine)이다. 한약의 적절한 사용은 ASD가 진행되는 근본 메커니즘을 차단할 수 있다. ASD가 바이러스 감염 수준에서 진행되는 영아기 퇴행 시점에는 식이요법이나 영양제 요법의 결합 없이 오로지 한약만을 사용하여 퇴행을 막고 정상발달을 유도할 수 있다. 그러니 대략 생후 12개월 전에 ASD 퇴행을 조기 발견하여 치료를 시작하면 대부분 한약만으로 정상발달이 가능하다. 생후 12개월 전에 ASD를 조기 발견·진단하는 체계가 만들어지고 한약을 이용한 치료법이 대중화된다면, ASD가 확산되는 사회현상은 마침표를 찍으리라고 확신한다.
--- 「한약의 효과」 중에서

한약을 이용하여 ASD를 실질적으로 치료한다는 접근법은 매우 생소하다. 이를 공식적인 치료법으로 입증하기 위하여 우리는 지속적인 연구 논문작업을 진행하고 있다. 그 결과 2023년 신경학 분야 SCI급 3대 저널 중 하나인 《Frontiers in Neurology(impact factor 4.8)》에 자폐 증례 연구논문을 게재하였다. 한약을 이용한 자폐 치료 증례 보고로는 세계 최초일 것이다. 이 연구보고는 소아 자폐스펙트럼장애 환자 18명을 대상으로 진행했으며, 환자들에게 전향적으로 6개월간 한약, 플로어타임, 감각강화 등의 통합치료를 실시한 후 자폐스펙트럼장애의 개선 정도를 조사했다. 연구결과 자폐스펙트럼장애의 중증도를 평가하는 ‘Childhood Autism Rating Scale(CARS)’과 ‘Autism Behavior Checklist(ABC)’ 설문값이 각각 치료 전 평균 34.58점 및 69.28점에서 6개월 치료 후 평균 28.56점 및 39.67점으로 유의하게 감소하며 정상범주로 회복됐다. 나아가 연구 기간 중 치료와 관련된 심각한 이상반응은 관찰되지 않았으며, 개별 치료에 대한 순응도는 평균 90% 이상으로 높았다.