기원전 551년 노(魯)나라 창평향(昌平鄕) 추읍(?邑)에서 아버지 숙양홀(叔梁紇)과 어머니 안씨(顔氏) 사이에서 태어났다. 태어나면서부터 정수리가 움푹 들어가 둘레가 언덕처럼 솟아 있어 이름을 구(丘: 언 덕 구)라고 했다. 3살 때 아버지를 여의고 17살 때 어머니를 여의었으며, 19살 때 송나라 출신 여인과 혼인했다. 20살 때부터 계씨(季氏) 가문의 창고지기로 일했고 가축 사육일도 맡았지만 학문을 게을리하지 않았다. 48살 때 정치에서 물러나 본격적으로 제자를 가르치기 시작했다. 3년 뒤 양호가 망명하면서 중도(中都)를 다스리는 책임을 맡았고 다시 사공(司空) 벼슬과 대사구(大司寇) 벼슬을 지냈다. 기원전 497년 이후 여러 나라를 돌아다니다가 기원전 484년 노나라로 돌아왔다. 기원전 479년 73살 때 세상을 떠나 노나라 도성 북쪽 사수泗水(언덕)에 묻혔다.

황갑연은 臺灣 東海大學 哲學硏究所에서 『陸象山 道德哲學之硏究』로 석사학위를, 『心學的 道德形上學硏究』(지도교수 蔡仁厚)로 박사학위를 취득했다.
황갑연의 학술연구 진행은 다음 3단계로 설명할 수 있다. 1단계, 1996년 귀국 이후 약 5년 동안 심학에 관한 논문과 저술을 학계에 집중 발표하면서 주자 성리학 중심의 한국 학술계의 연구에 다양성을 제공했다. 牟宗三의 대표작인 『心體與性體』 번역이 이 시기의 대표적 연구 결과이다. 2단계, 육구연과 왕양명 중심의 心學과 정이천과 주자 중심의 理學을 학술발전사 관점에서 재조명했다. 그 연구 결과가 『리학?·?심학 논쟁』이다. 3단계, 주요 연구 분야는 유가철학에서 도덕과 문학예술 그리고 과학지식의 관계를 어떻게 정립하는가에 관한 것이다. 도덕과 문학예술 그리고 과학지식의 유기적 관련성에 대해서는 전통적인 유가 철학의 입장을 수용하지만, 주종적 관계에 대해서는 비판적 태도를 취한다.이에 대한 연구 결과가 『문도론』이다.
저서로 『리학?·?심학 논쟁』?· 『동양철학과 문자학』 외 14권이 있고, 역서로 『心體와 性體』 외 6권이 있으며, 논문으로는 「조선성리학자의 양명학 비판 논거에 대한 비판적 성찰」(퇴계 학보) 외 70편이 있다.
현재 전북대학교 철학과 교수로 재직하고 있다.