서울대학교 의과대학을 졸업하고 서울대학교병원에서 산부인과 전공의와 산과 전임의 과정을 마쳤다. 서울대학교 의과대학 교수와 서울대학교병원 겸직 교수로 교육·연구·진료를 하고 있다. 미국유타대학 산부인과에 2년간 객원 연구원으로 있었으며, 미국오하이오대학·미국질병통제센터 등에 단기 연수를 다녀온 바 있다. 또한 대한산부인과학회·대한모체태아의학회·대한주산의학회·대한의학유전학회·대한산부인과초음파학회에서 활발한 학술 활동을 하고 있다.

EBS 다큐멘터리 〈명의〉 ‘탄생, 그 길을 열다’에 소개되었다. 〈동아일보〉에서 가족을 맡기고 싶은 산부인과 의사로 가장 많은 지지를 받아 ‘고위험 임신 분야 베스트 닥터’로 선정되었다.

현재 서울대학교병원에서 30년 동안 고위험 임신부 진료를 하고 있다. 관심 질환은 조산·임신중독증·자궁경관무력증·성장 지연 태아이며, 다태임신 분만에서 최고 권위자로 알려져 있다.

그동안 20,000명이 넘는 신생아 분만, 2,000명이 넘는 쌍태임신 자연분만, 400명이 넘는 삼태임신 분만을 했다. 현재 1,600명 이상의 다태임신 가계를 전향적으로 추적 관찰하고 있다. 지금까지 5,000건 이상의 양수천자술, 500건 이상의 제대혈천자술을 시행하였으며 태아 수혈 및 단락술로 많은 생명을 구했다. 2011년에는 국내 최초로 태아수혈증후군이 합병된 임신부를 레이저응고술로 치료하였다. 태아 기형의 교육 및 진료를 목적으로 기형집담회를 15년째 이어오고 있다.

《작은 변화에도 걱정이 많아지는 예비 엄마들에게》는 태아 중심이 아닌 여성 중심으로 쓰인 임신·출산 의학 가이드다. 평생을 산부인과 의사로 지낸 전종관 교수가 다양한 임신부의 분만을 도우며 쌓은 경험과 지식을 집약시킨 첫 책인 만큼 평생의 경험과 진심을 쏟아 집필했다.