궁궐 안에 있는 의료 기관이었습니다. 시험을 치러 전국에서 제일 가는 의원들만 뽑아 놓은 곳으로 내의원의 의관들은 임금과 왕족들의 건강을 돌보는 일을 했습니다. 그 중에서도 특히 의술이 뛰어나 임금의 병을 치료하는 사람을 어의하고 불렀습니다. 내의원에 들어가 어의가 되기만 하면 의원으로서 가장 영광스러운 일이라 내의원 시험은 의원들에게는 과거 시험이나 마찬가지였습니다.

'내의원에 들어가자. 그래서 보란 듯이 대궐에 드나들며 서출이라고 무시하던 자들의 코를 납작하게 만들자.' 허준은 관복을 입고 대궐로 들어가는 자기 모습을 그려 보자 자기도 모르게 입이 벌어졌습니다. 그런 허준의 마음을 훤히 들여다보기라도 하는 듯 외삼촌이 덧붙여 말했습니다. "송의원에게 의원은 돈벌이를 위해 하는 일이 아니라는 것을 귀에 못이 박히도록 들었을 것이다. 또한 의원은 출세를 하기 위한 직업도 아니다. 내가 너를 내의원에 보내고자 하는 이유는 그 곳에 있는 많은 의서들 때문이다. 내의원에는 우리 나라에서 펴낸 것은 말할 것도 없고 중국에서 들어온 오래 되고 귀한 의서들이 모두 갖춰져 있다고 들었다. 너는 그 책들을 열심히 읽고 연구하여 이 나라 모든 사람들을 질병의 고통에서 벗어나게 해라. 그리고 의학을 더욱 발전시켜 후대에 길이 전하는 사람이 되거라."