열두 살의 어린 나이. 그러나 범죄를 주모해 갈 뛰어난 두뇌를 갖고 있는 아르테미스 파울. 지금 파울 가문은 몰락 위기에 처했다. 기울어가는 가문을 소생시켜야 할 책임을 진 아르테미스는 요정의 황금을 빼앗는 음모를 꾸미게 된다.

오랜 기간 요정에 대해 연구한 아르테미스는 인터넷에 요정을 만나게 해주는 사람에게 후사하겠다는 광고를 올리고 마침내 베트남 호치민시에서 요정의 은닉처를 찾아낸다. 요정은 치료사가 되어 인간 세상에 섞여 사는 술주정뱅이의 늙은 노파였다. 늙은 요정에게 요정의 경전을 잠시 빌려 디지털 카메라로 한 장 한 장 촬영한 아르테미스는 휴대폰을 이용해 데이터를 자신의 영지에 있는 컴퓨터로 전송히킨다. 그러고는 늙은 요정과의 약속을 어기며 그녀에게 기억을 지우는 약을 먹이고 자신의 영지로 돌아와 요정의 언어를 번역하는 일에 몰두한다. 쉽지 않은 작업이나 요정의 언어 구조가 이집트의 상형문자와 유사하다는 것을 간파한 아르테미스는 파워 번역기를 이용해 힘겹게 요정의 경전을 해독해 내고, 그들이 비밀을 소상히 알게 된다.

한편 요정들은 몇 세기 전 진흙인간과의 전쟁에서 패한 후 지하세계에 모여 살고 있다. 요정나라에도 치안을 유지하는 경찰이 있는데, 여기서 홀리 쇼트 대위는 정찰 업무를 맡고 있는 여성대원이다. 지난번 전투에서 치명적 실수를 저질러 위기를 맞고 있는 그녀에게 경찰 요정도 통제하기 힘든 야수, 트롤이 요정나라를 넘어 인간세계로 나아가는 긴급상황이 발생한다. 아직 요정의 세계는 인간에게 알려지지 않았기 때문에 요정나라는 이를 지키기 위해 필사적으로 노력한다.

마법의 힘을 키우는 의식을 치르러 아일랜드 '과거의 마을'로 찾아간 이미 그곳엔 아르케미스가 기다리고 있다. 결국 그녀를 몸값을 빼앗기 위해 요정을 납치하게 된다. 이 일로 아르테미스와 요정나라와의 한판 승부는 시작되고 인간 세계와 요정 나라 사이에 문제가 있을 때마다 자주 사용되던 시간정지가 파울 영지에 내려진다. 시간정지는 8시간. 9시간이 지나면 어쩔 수 없이 영지 내에 세균폭탄을 투하해야하는 것이다. 결국 아르테미스가 요구하는 황금을 몸값으로 주어야한다. 요정나라는 여러 방법을 동원하나 실패해 결국 파울 영지에 트롤이라는 무지막지한 야수를 보낸다. 경찰요정도 통제할 수 없는 트롤은 파울 영지를 쑥대밭으로 만들고, 거구의 무사 버틀러까지 죽음 직전으로 몰고간다. 그리고 순수한 영혼을 소유한 버틀러의 여동생 마저 위험에 처한 순간 홀리 쇼트가 그들을 도와준다.

트롤을 이용한 작전도 실패하여 결국 요정나라에서는 아르테미스에게 황금을 주기로 결정한다. 일단 몸값을 주고 영지에서 홀리를 빼낸 다음 세균폭탄을 투하하려는 생각에서였다. 아르테미스가 죽게 되면 요정의 규정상 황금을 되찾을 수 있기 때문이다. 아르테미스와 두 수행원 버틀러와 줄리엣, 그들은 시간정지 구역에서 벗어날 수 없을 것이며, 세균폭탄이 투하되면 결국 죽게될 것이다.

그러나 어린 아르테미스 파울은 자신들이 시간정지 구역에서 벗어날 수 있다고 확신한다. 아르테미스들은 세균폭탄이 투하되기 바로 전 수면제를 먹고 잠이 든다. 시간정지 구역을 빠져나갈 수 있는 유일한 방법은 깊은 잠에 드는 것임을 알았던 것이다.

시간정지가 풀리고 아르테미스가 살아난다면 요정의 규정상 황금은 영원히 아르테미스의 것이 된다. 그러나 아르테미스는 마음을 바꾸고, 집안을 일으킬 황금을 빼고 나머지를 요정 나라에 돌려준다. 그렇지만 이 일로 요정나라와 아르테미스와의 악연은 끊임없이 계속되는데...