종교와 주체사상의 관계에 대한 북한의 입장은 한국계 해외 기독교 학자들과 정기적으로 만나면서 정립되어 간 것으로 보인다. 기독교 학자들은 북한 대표자들이 스스로를 마르크스주의자가 아니라고 하는 점에, 북한 사람들은 해외 기독교인들이 “진보적”인 점에 각각 충격을 받으며 대화를 이어갔던 것이다. 북한 쪽에서 가장 중요한 역할을 한 사람은 사회과학원 주체사상연구소의 박승덕이다. 그는 1988년 스톡홀름 대학에서 열린 주체사상에 대한 학술대회에서 주체사상이 마르크스주의와는 다른 사상이기 때문에 종교에 대해서도 그와는 다른 방식으로 이해한다고 주장했다.

즉 전통적 마르크스주의와는 달리 주체사상은 종교의 역사적 변화에 주목하며 특정한 종교가 어떤 이해와 요구를 반영하고 있는가에 따라 평가를 달리 한다는 것이다. 이 자리에서 그는 종교도 “발전의 내적 법칙성을 지니는 사회적 의식의 독자적인 한 형태” 라고 하여 종교의 존재 근거를 인정했다. 종교에 대한 이 새로운 정의는 앞서 살펴본『조선말대사전』이나 『조선대백과사전』등 1990년대의 객관적인 종교 이해의 논리적 근거였던 것으로 보인다.

박승덕은 해외에서 열린 각종 학술회의에 참석하면서 그의 생각을 좀더 발전시켜나갔다. 1990년 중국 북경에서 개최된 24차 북미 기독학자 연례대회에서 그는 “기독교에 대하는 주체사상의 새로운 관점”이라는 논문을 발표했다. 여기서 그는 “주체사상과 기독교가 적대되며 공존할 수 없다”는 견해는 반공주의자들이 퍼뜨린 “그릇된 리해”라고 주장한다. 주체사상은 마르크스주의와는 다른 사상이기 때문에 “기독교의 본질을 새롭게 해명하고” 있다는 것이다. 마르크스 레닌주의에서는 “세계를 … 왜곡되게 반영한 환상적이며 신비주의적인 세계관”이라는 데서만 기독교의 본질을 찾았지만 주체사상은 “세계관에서가 아니라 압제와 에속을 반대하고 자유와 평등을 념원하는 사람들에게 자기 식의 삶의 길을 제시하는 인생관”이라는 데서 그 본질을 찾는다고 말한다. 즉 주체사상은 기독교가 과학적 세계관이냐 아니냐 하는 차원에서가 아니라 “이간구원, 인간해방을 위한 삶과 투쟁의 공통된 방도를 모색하는 차원에서 기독교와의 대화를 주장”한다는 것이다.

박승덕에 의하면 주체사상은 기독교의 역사적 단계를 인간구원과 해방이라는 측면에서 바라본다. 구약의 기본사상은 창조 신앙이 아니라 애굽의 통치로부터의 이스라엘 민족의 탈출사건이며 초기 기독교는 로마통치를 반대하던 노에들과 빈민들의 요구를 반영한 민중을 위한 종교였다고 해석한다. 코느스탄틴 황제 이후의 국교화된 기독교는 로마통치를 반대하던 노예들과 빈민들의 요구를 반영한 민중을 위한 종교였다고 해석한다.