1권 다윈의 생물 노트 : 진화와 유전
과학에 관심이 많고 모험심이 강한 초등학생인 유노는 대학생 누나인 아리와 함께 아빠를 만나러 비행기를 타고 가다가 희귀한 생물들이 사는 섬에 추락한다. 그들은 어류, 양서류, 파충류 등의 특징을 모두 갖고 있는 생물인 이볼드를 만나, 섬으로 표류해 와 10년 동안 생물을 연구하는 무 박사를 소개받는다. 유노와 아리는 무 박사로부터 생명이 어떻게 탄생했고 진화해 왔는지를 배운다. 다윈의 진화론과 멘델의 유전 법칙 등을 하나둘 배우고, 무 박사가 타고 온 배를 수리해 집으로 돌아갈 준비를 하며 하루하루를 보낸다. 집으로 돌아갈 준비를 모두 마치는 날, 무 박사는 섬에 남겠다고 얘기한다. 그는 섬에 남아 다윈의 뒤를 이어 연구를 계속하려 한 것이다. 거센 폭풍우를 뚫고 육지로 돌아온 유노와 아리는 집에 돌아가서도 생물 공부를 열심히 하겠다고 마음먹는다.

2권 갈릴레이의 물리 노트 : 힘과 운동
세계화된 저승의 염라국을 다스리는 염라대왕은, 어느 날 서로 자신의 과학이 옳다고 주장해 저승을 시끄럽게 하는 갈릴레이와 아리스토텔레스를 불러 시비를 가리게 된다. 근대 과학 혁명을 이끈 이탈리아의 과학자 갈릴레이는 아리스토텔레스의 운동론에 맞서 자유 낙하 운동 법칙과 포물선 운동 등 새로운 이론을 내놓는다. 그는 실험과 관찰의 중요성을 깨닫고 여러 실험을 통해 진실을 밝힌다. 반면에 고대 그리스의 학자였던 아리스토텔레스는 갈릴레이에게 과학적인 이론보다는 자신의 권위를 내세워 반론을 펼친다. 염라대왕은 시비를 가리기 위해 전생을 볼 수 있는 명경대를 통해 과학자로서의 신념을 저버리지 않고 연구를 계속한 갈릴레이의 생애를 엿본다. 그리고 갈릴레이로부터 여러 가지 과학 지식을 배우게 된다.

3권 아르키메데스의 수학 노트 : 수와 도형
우주 최고의 과학 문명을 자랑하는 가니메데 행성에서는 대대적인 지구 침공을 계획한다. 그 계획의 일환으로 지구 점령 사령관으로 임명된 메트리 왕자는 지구의 과학 수준을 알아보게 된다. 왕자의 교육을 책임진 매스매 박사는 수학을 발전시킨 고대 그리스의 수학자 아르키메데스를 왕자에게 소개한다. 아르키메데스는 도형과 수를 연구한 것을 비롯해, 과학의 원리를 이용해 만든 발명품으로 위기에 처한 조국 시라쿠사를 구해냈는데, 로마군에 의해 최후를 맞는 순간까지 도형을 연구할 정도로 수학에 애정이 깊었다. 결국 수학을 골치 아프게만 생각했던 메트리 왕자는 수학에 재미를 느끼고, 지구를 침공하겠다는 생각을 바꾸게 된다. 왕자는 지구를 침략하는 대신 평화사절단이 되어 지구와 과학 기술을 교류하자고 대왕을 설득한다.

4권 베게너의 지구과학 노트
어린이 과학 경시 대회에서 우승한 해은과 진수는 대회 부상으로 그린란드 탐사 여행을 한다. 그린란드에 도착한 해은과 진수는 탐사대장 박순표를 만난다. 이들은 대륙 이동설을 세상에 내놓은 알프레드 베게너를 기리는 뜻에서 그의 발자취를 따라 그린란드를 여행하기로 한다. 그린란드의 설원을 여행하던 일행은 눈보라를 만나 동굴로 피신했다가 알 수 없는 구멍으로 빠져들어 지하세계로 떨어진다. 지하세계는 지상세계와 달리 따뜻하고 온화한 날씨이고 그곳에 사는 지하인들은 생김새는 다르지만 마음씨 착한 사람들이다. 그곳에서 탐사 일행은 베게너 박사를 만나 지구과학을 배우게 된다. 그러던 중 집에 돌아가고 싶어 하는 해은과 진수를 위해 지하인들이 비밀 통로를 알려준다. 과연 탐사 일행은 지상세계로 돌아갈 수 있을 것인가. 지하세계의 베게너 박사는 어떻게 될 것인가.

5권 보일의 화학 노트 : 물질의 구성과 특성
초등학생 왕세현은 아빠와 함께 화학 박물관에 가는데, 그곳에서 누구에게나 화학을 가르쳐 주어야 한다는 사명감을 갖고 있는 안내 도우미 누나를 만나 화학 공부를 하게 된다. 그러던 중 화학 박물관에 금속을 황금으로 만들어 주는 ‘현자의 돌’이 있다는 소문을 들은 도둑들이 침입해 온다. 도둑을 막으려고 옥신각신하다가 왕세현의 아빠인 왕춘식은 중세 연금술사 자비르의 저주에 걸려 몸이 납으로 변하게 된다. 납으로 변한 아빠를 구하기 위해 세현은 자비르가 내는 화학 문제를 풀어야 하는데, 화학 지식이 풍부하지 못해서 쩔쩔맬 뿐이다. 자비르가 내는 문제들은 기압과 기체의 부피, 진공과 관련된 것들이라서 어렵기만 하다. 그런 세현을 도와주려고 화학 박물관에 전시되어 있던 밀랍인형 보일이 환생해 깨어난다. 과연 세현은 보일의 도움을 받아 문제들을 풀고, 아버지를 구할 수 있을 것인가?