토비는 흙껍질 족이 비바람과 싸우며 살아온 강인하면서도 정직한 종족임을 알게 된다. 어느 날 나무 사람이 초원으로 오게 되고 토비는 부모님이 살아 있고 엘리샤가 나무의 새로운 지도자인 레오 블루에게 잡혀 있다는 사실을 알게 된다. 토비는 자신이 사랑하는 사람들을 구하기 위해 다시 한 번 나무 안으로 모험을 떠난다. 한편 레오 블루는 나무 최고의 권력자로 자신의 아버지를 죽인 흙껍질 족들을 끊임없이 탄압하고 잡아들인다. 그는 낮은 가지에서 처음 만난 엘리샤에게 반해 끊임없이 구애한다. 하지만 엘리샤는 오직 토비만 기다리며 틈틈이 탈출의 기회를 노린다. 심 롤네스 부부는 조 미츄의 손아귀에서 나무위원회의 옛 학자들과 함께 탈출하기 위해 지하터널을 파고 있다. 토비는 옛 친구 닐스의 도움으로 나무꾼으로 취직해 나무의 정황을 살피고 부모님이 계신 곳을 알아낸다. 엘리샤 역시 친구 고구마의 도움으로 레오 블루와의 결혼식 날, 무사히 알의 둥지에서 도망쳐 나온다. 엘리샤는 어머니가 있는 낮은 가지 지역으로 달려가고, 토비와 레오 역시 엘리샤를 찾으러 낮은 가지 지역으로 향한다. 어머니를 찾은 엘리샤는 그녀를 간호하던 중에 자신의 아버지가 흙껍질 족에게 죽임을 당했다고 알려진, 레오 블루의 아버지, 엘 블루라는 것을 알게 된다. 그리고 그가 흙껍질 족이 아닌, 조 미츄에게 살해당했다는 사실도 알게 된다. 조 미츄는 자신의 범죄를 흙껍질 족에서 뒤집어씌우고, 나무의 보호자로서 자처하고 나선 것이다. 한편 얼음 호수에서 만난 토비와 레오는 생명을 걸고 싸우고, 이 사실을 안 엘리샤는 두 사람이 있는 곳으로 달려간다. 토비가 레오를 죽이려는 찰나, 엘리샤는 그들 사이에 끼어들어 레오에게 자신이 이복누이임을 알린다. 레오는 망연자실한 모습으로 사라지고, 토비와 엘리샤는 감격스러운 재회 후 서로의 사랑을 확인한다. 사람들은 황폐화되어 가는 나무를 지키기 위해 곳곳에서 반란을 일으킨다. 토비는 조 미츄의 웅덩이로 가 흙껍질 족을 해방시키고 부모를 인질로 잡고 도망가는 조 미츄를 찾아 수색작업을 벌인다. 심이 남긴 쪽지를 보고 조 미츄와 부모님을 찾은 토비. 토비와 레오는 각각 다른 방향에서 조 미츄와 그의 부하 티그르를 공격해 무사히 심과 마이야를 구해낸다. 시간이 흐르고 나무는 다시 예전의 푸름을 되찾는다. 레오는 흙껍질 족 여인인 일라이아의 도움으로 상처를 회복하고 토비 가족은 오네사로 돌아와 새로운 삶을 시작한다. 몇 년 후 토비와 엘리샤는 가정을 이루고 소소한 일상에 고마움을 느끼며 행복한 시간을 보낸다.