안중근은 의거의 목적을 처음부터 공판투쟁에 두었다. 이를 위해 안중근은 일제의 법률까지 연구하며 대비하였다. 안중근재판을 앞두고서 일제는 다음과 같은 세 가지 문제에 봉착해 있었다. 첫째는 안중근재판 관할권에 대한 해석문제이다. 둘째는 의거의 정확한 진상을 파악하는 것이었다. 셋째는 외무성이 재판에 영향력을 어떻게 행사하는가 하는 문제이다.

첫 번째 문제의 해결하기 위해 일제는 을사늑약의 왜곡을 넘어서 자국법마저 어겨가면서까지 안중근재판의 관할권을 강탈하였다. 두 번째 문제의 해결을 위해 외무성은 구라치 정무국장을 여순에 파견하여 사건의 전모를 파악하도록 하였고, 통감부도 사카이 등을 파견하여 의거의 진상을 조사하도록 하였다. 그 결과 의거의 진상은 안중근의 주도로 우덕순이 참여한 정치적 사건이라는 실상이 드러났다. 세 번째 문제의 해결을 위해 외무성은 안중근 사형선고, 우덕순 유죄입증이라는 재판방침을 정하고 히라이시 고등법원장과 협의를 하여 이와 같은 외무성의 결정이 실현되지 못하면 고등법원에서 히라이시가 외무성의 의도대로 재판을 한다는 방침을 결정한 상태였다. 외무성은 안중근 사형, 우덕순 징역3년, 조도선과 유동하 징역 1년 6개월이라는 예상외의 결과를 달성하였다.

공판은 총 6회 전개 되었다. 제1회 공판(첫째날의공판)에서는 주로 안중근에 대한 심문이있었고, 제2회 공판(둘째날의공판)에서는 우덕순ㆍ조도선의 심문이 있었다. 제3회 공판(셋째날의공판)에서 안중근ㆍ우덕순ㆍ조도선ㆍ유동하에 대한 심문이 진행되었다. 이때 유동하는 검찰관이 자신을 의거에 연관시키기 위해 사건을 조작하였음을 밝혔다. 특히 안중근은 의거의 정당성을 주장하면서 일제의 침략사실을 소상히 밝히어 처음부터 의도했던 공판투쟁을 전개하였다. 일제는 이에 당황하여 재판을 비공개로 돌려 스스로 공판의 불법성을 만천하에 드러냈다.

제4회 공판(넷째날의공판)에서는 검찰관이 안중근재판의 관할권이 일제에 있으며 안중근은 정치범이아니라는 기소 내용을 읽어내려갔다. 안중근 사형, 우덕순ㆍ조도선 징역 2년, 유동하 징역 1년 6개월이라는 구형을 하였다. 제5회 공판(다섯째날의공판)에서는 변호인들의 변론이 있었다. 변호인들은 재판관할권이 일제에 있다고 하더라도 한국에서는 정치범에 대한 처벌규정이 없으므로 안중근은 무죄라고 주장하였다. 더불어 우덕순ㆍ조도선ㆍ유동하의 무죄를 주장하였다.

이에 대해 안중근은 재판의 불공정하고 편벽됨을 밝히면서 의거를 이토의 한국침략에 반대한 정치적 사건임을 논증하면서 자신은 군인이므로 군인에게 적용되는 국제공법에 따라 재판할 것을 요구하였다. 제6회 공판(여섯째날의공판)에서는 재판부의 판결이 있었다. 재판부는 재판 관할권 문제 등 검찰관의 주장을 그대로 답습하여 안중근 사형, 우덕순 징역 3년, 조도선과 유동하 징역 1년 6개월이라는 선고를 하였다.
이상에서 보았듯이, 안중근재판은 러일전쟁 이후 일본의 한국 사법권 장악이라는 한국침략의 정점에서 이루어진 사건이다. 안중근ㆍ우덕순ㆍ조도선ㆍ유동하－공판시말서와 안중근ㆍ우덕순ㆍ조도선ㆍ유동하－안중근사건 공판속기록은 일제의 성격을 그대로 드러내고 있다는 점에서 의미있는 사료임에 분명하다.