1919년 영국 스코틀랜드 지방, 렌프류(Renfrew)에서 출생했다. 그는 글라스고(Glasgow) 대학에서 철학과 신학을 공부했다. 스코틀랜드교회(The Church of Scotland)에서 목사 안수를 받은 후에 군목으로 봉사했고, 1953년에 글라스고 대학의 조직신학 강사가 되었다. 매쿼리는 1962년에 미국 유니온신학교(Union Theological Seminary in New York)의 조직신학 교수가 되었고, 미국 성공회(American Episcopal Church)의 신부로 서품을 받았다. 1970년에 영국 옥스퍼드 대학 신학부의 정교수(Lady Margaret Professor)가 되었으며, 1986년에 은퇴하여 동대학의 명예교수가 되었다. 이후에도 왕성한 학문활동과 저술을 하다가 2007년 5월 28일, 87세의 나이로 세상을 떠났다.
존 매쿼리는 명문장가이자 다작가로 유명하며, 또 요약의 대가로 정평이 나 있다. 그의 저서 가운데서 이미 1970-1980년대에 대한기독교서회에서『희망의 윤리』(The Ethics of Hope),『인간이 되신 하나님』(The Humility of God), 『평화의 개념』(The Concept of Peace) 등이 출판되어, 우리에게 친숙한 신학자가 되었다. 그 밖에『실존주의 신학: 하이덱거와 불트만 비교 연구』(An Existentialist Theology: A Comparison of Heidegger and Bultmann, 1955), 『비신화화 작업의 범위』(The Scope of Demythologizing, 1960),『20세기 종교 사상: 철학과 신학의 개척자들』(Twentieth Century Religious Thought: The Frontiers of Philosophy and Theology, 1900-1960, 1963), 『기독교 실존주의 연구』(Studies in Christian Existentialism, 1965), 『기독교 신학의 원리』(Principles of Christian Theology, 1966), 『신과 인간사이』등의 저서가 있다.

한신대학교 신학과를 졸업하고 동대학원에서 석사학위와 박사학위 (교회사)를 받았다. 전남 해남의 삼산서부교회 현장목회를 시작으로 육군 군목과 (주)린나이 코리아 사목으로 일하였다. 호서대, 루터신대, 서울장신대, 나사렛대 등에서 강의하였다. 2007년 가을, 미국 버클리 대학교의 GTU(Graduate Theological Union) 초빙교수로 강의하 였다. 현재 한신대학교 신학과 교수로 재직, 한신대학교 평화와 공공성 센터 소장을 역임하고 교목실장을 거쳐 신학대학원장, 사회 혁신경영대학원장, 한신대학교 총장을 역임하였다.

저서로는 『교회사의 해방 전통』, 『새 역사 50년사』, 『생명나무에 이르는 길- 한국 그리스도교 영성사』, 『해방공간에서 하나님 나라를 꿈꾼 5인 5색』, 『거울로서의 역사』등이 있으며, 역서로는 『20세기 의 사건들과 현대 신학』, 『프로테스탄트 교회의 역사와 신학』(공역), 『성서, 나를 읽는 책』, 한국에 온 캐나다인들』, 『성령의 정치경제학』, 『민중신학, 세계 신학과 대화하다』 외에 다수가 있다.