고등학교 3학년 때 주님을 만난 후 선교사가 되기로 결심했다. 그때부터 그의 삶의 목표는 주님의 뜻을 따라 사는 것이 되었다. 고려대학교, 서울대 대학원, 인하대 대학원에서 경영학을 공부한 손 선교사는 대학원 재학 당시부터 인도네시아 선교사가 되기 위해서 기도했다.

1981년부터 국립세무대학에서 회계학을 가르치며 학원 복음화를 위해서 애쓰던 어느 날 인도네시아 정부가 선교사 비자를 주지는 않지만 대학에서 가르치는 교수 비자는 어렵지 않게 내주는 것을 알게 되었다. 1989년 해외선교훈련원(GMTC)에서 1년 동안 선교 훈련을 받고 1990년 인도네시아로 파송되었다.

손창남 선교사는 인도네시아의 족자카르타에서 회계학을 가르치며 전문인 선교사의 사역을 감당하였다. 인도네시아 죠이를 개척하여 대학생들에게 복음을 전하고 제자 훈련에 힘썼다. 현지 리더들을 세워 인도네시아 죠이가 현지인 중심으로 사역할 수 있도록 도왔다. 그렇게 인도네시아에서 10년간의 사역을 마치고 2001년 한국으로 돌아와 7년 동안 한국 OMF 대표로 섬겼다.

현재는 동원 사역과 함께 죠이선교회 대표직을 감당하고 있으며 동시에 반추하는 실천가로서 강의와 저술 활동을 하고 있다. 저서로는 『족자비안 나이트』, 『쏘라비안 나이트』, 『투나비안 나이트』, 『직업과 선교』, 『문화와 선교』, 『교회와 선교』, 『사도행전을 선교적으로 읽으면 두 모델이 보인다』, 『다니엘서를 선교적으로 읽으면 깊고 은밀한 일이 보인다』, 『죠이 스토리』(이상 죠이선교회 펴냄)가 있다.