가공의 대륙에 존재하는 가공의 나라, [산마그놀리아 공화국]. 그곳은 [백계종]이라 불리는 인종을 중심으로 다양한 인종이 모여 사는 나라로, 자유, 평등, 박애, 정의, 고결함을 상징하는 오색기의 정신을 슬로건으로 내세우고 있었다.
9년 전, 이웃 나라인 [기아데 제국]이 무인병기 [레기온]을 개발해서 공화국을 침공했다. 외적의 침공에 수도를 중심으로 한 [85구]까지 밀린 공화국은 상황을 타개하고자 그동안 시민으로 받아들였던 [유색종]들의 시민권과 재산을 몰수하고 ‘사람처럼 생긴 돼지’로 정의해 85구를 지키는 장벽 밖에 있는 강제수용소, 통칭 [86구]로 내몰았다. 그것도 모자라 [에이티식스]라 멸시당하는 그들에게 본인과 가족의 시민권 회복을 미끼로 반강제적인 병역의 의무를 부과, 나아가 ‘사람처럼 생긴 돼지가 타면 무인기’라는 논리로 레기온에 대항하는 엉터리 병기 [저거노트]에 태워서 죽을 때까지 레기온과 싸우게 하는데──.
인간이 같은 인간을 박해하는 현실을 묵인하고, 긍정한 지 9년, 공화국의 현실에 의문이 있는 공화국 여사관 블라디레나 밀리제, 통칭 [레나]는 전선의 네임드 부대 [스피어헤드] 전대의 지휘관제관으로 부임한다…….