제1부 “생명”에서는 우주의 시작과 생명의 발생으로부터 문명이 태동하기 전까지의 역사를 개괄한다. 그러면서 진화를 이해하고 자연사의 시각으로 문명의 역사를 이해하는 데에 필요한 주요 용어들인 공생발생과 자기조직화, 상리공생, 공진화 등의 개념과 원리를 친절히 설명한다. 다소 추상적으로 느껴지는 이 과학적 개념들은 저자가 오랫동안 애정을 가지고 탐구해온 염습지 생태계의 사례와 함께 어렵지 않게 이해할 수 있다
---「제1장」중에서

하나의 종으로서 자연환경이 던지는 도전에 대응하면서 인간의 손과 뇌가 진화했고, 인간은 불을 이용하기 시작하면서 먹이사슬의 꼭대기로 올라갔다. 동시에 인간은 언어를 발전시켰고, 늑대와 함께 공진화하면서 이 동물을 길들여 사냥에 활용했는데, 이는 모두 협력으로 이루어낸 발전의 사례이다
---「제2장」중에서

이후 인류는 본격적으로 가축을 길들이고 정착과 농경을 시작했다. 자연을 길들이면서 농업혁명이 일어났고, 인류는 문명을 탄생시킬 준비를 마쳤다
---「제3장」중에서

제2부 “문명”에서는 정착과 함께 인류 문명이 눈부시게 발전한 역사를 간략하게 살펴본다. 높아진 인구밀도에 따라 폭력이 증가했지만 이를 극복하고 인류가 성공적으로 번영할 수 있었던 것은 협력 덕분이었다. 생명체들이 군비 경쟁과 협력을 통해서 공진화하는 것과 정확히 같은 과정을 거치며 인류는 도시를 건설하고 무역망을 구축했다
---「제4장」중에서

이와 동시에 인류는 주변 자원을 착취하기 시작했는데 이는 기근을 발생시켰고 교역망의 확장, 즉 아직 이용하지 못한 자원이 있는 곳으로의 탐험을 가속화했다
---「제5장」중에서

인류의 무대가 전 세계로 확장되면서, 흑사병과 말라리아 등 범세계적으로 유행하는 질병이 등장했다. 그러나 인류는 미생물의 진화를 활용하여, 또 식물이 이미 진화시킨 방법들을 활용하여 이 위기를 극복했고, 이에 따라 의학이 발전했다
---「제6장」중에서

제2부의 끝에서는 도시의 경관과 인류의 사회 구조가 자연 생태계에서 발견할 수 있는 모습들과 놀랍도록 유사하다는 점을 지적한다. 인간만이 발전시킬 수 있다고 여기는, 사회의 물리적, 계층적 구조 역시 사실은 자연계의 법칙을 충실히 따른 결과인 것이다
---「제7장」중에서

제3부 “운명”에서는 비교적 최근의 문명사를 다루면서 현재 인류가 처한 문제들의 원인을 진단하고 앞으로 나아가야 할 길을 설명한다. 우선, 현 인류가 가장 치열하게 대립하는 영역인 종교를 탐구하면서 종교의 발생이 환각 작용을 일으키는 식물로부터 유래했을지도 모른다는 신선한 시각을 제시한다. 가장 정신적인 영역이라고 여겨지는 종교가 어쩌면 자연과의 공진화 속에서 발생한 것일 수도 있다는 시각이다
---「제8장」중에서

이어서는 식물이 진화시킨 방어 수단들을 인류가 음식을 보존하고 건강을 증진시키는 방법으로서 어떻게 활용해왔는지를 살핀다. 인류는 이를 통해서 화학과 제약을 발전시킬 수 있었다
---「제9장」중에서

한편, 산업혁명 이후 인류가 직면한 새로운 과제, 에너지 개발 문제 역시 깊이 있게 다룬다. 나무에서부터 시작하여 석탄을 거쳐 석유에 이르기까지, 인류는 주변의 자원을 착취하며 문명을 발전시켰다. 이는 현재 우리가 마주한 기후 위기와 환경 문제를 낳았다
---「제10장」중에서

저자는 현 인류가 생태계와 공존하지 못한 채 자원을 남용해온 탓에 자원 부족의 상태가 한계까지 내몰린 “대체 상태”에 이르렀다고 진단한다. 이어서 앞으로 인류의 발전과 진화에 가장 큰 영향을 미칠 인공지능을 다루면서, 인공지능과 공진화할 미래의 재앙을 예방하기 위해서는 진화를 이끈 큰 축의 하나인 ‘협력’으로 돌아가야만 한다고 지적한다