제1부 오래 걸려 얻은 승리 - 다윈과 진화론의 등장

제1장 다윈과 비글호
딱정벌레 잡기 / 외로운 선장 / 지구의 나이는 몇 살인가 / 자연에 나타난 신의 섭리 / 왜 기린은 목이 길어졌을까 / 지질학자가 된 다윈 / 흔들리는 땅 / 새 이야기 /산호초의 형성과 성장

제2장 살인을 자백하듯 ― <종의 기원>의 기원
원형과 조상 / 혼란과 이단 / 살인을 자백하는 심정으로 / 다시 은둔 생활로 / 모습을 드러낸 자연선택 / "이 세계관에는 뭔가 장엄한 것이 있다" / 원숭이 대(對) 주교

제3장 까마득한 옛날을 찾아서 ― 생명의 역사책에 연대 매기기
골치 아픈 지구의 나이 / 원자 속의 시계 /시계는 많지만 결론은 하나 / 점점 커지는 생명체

제4장 변화 들여다보기 ― 유전자, 자연선택, 진화
유전을 연구한 수도사 / 생명의 요리책을 다시 쓰다 / 현대적 종합론 / 새의 부리와 구피의 수명 / 종은 어떻게 탄생하는가 / 자연선택으로 감기와 싸운다 / 실리콘칩 속의 진화


제2부 창조와 파괴

제5장 생명의 나무의 뿌리를 찾아서 ― 생명의 새벽에서 미생물의 시대까지
생명의 나무 / 생명의 기원을 찾아서 / 진화의 최초 방식 / 가속화되는 진화 / 가지 합치기

제6장 우연히 얻은 도구 상자 ― 동물 진화의 기회 및 제약
진화의 괴물 / '총지휘' 유전자 / 캄브리아기 대폭발 배후의 유전자 / 유전자의 복제와 척추동물의 탄생 / 생물종 폭발의 도화선 / 잔치가 끝나다 / 물고기의 손가락과 육상 생물 / 거꾸로 가는 진화―고래의 기원

제7장 멸종 ― 생물은 어떻게 사라지고 다시 태어나는가
멸종과 부활의 그래프 / 페름기와 트라이아스기 사이의 대량 멸종 / 부 활 / 포유류―미미한 시작 / 하늘에서 떨어진 불벼락 / 포유류가 주역이 되다 / 인간에 의한 멸종 / 동굴 속에 기록된 역사 / 가속되는 멸종 / 이방의 침입자들 / 멸종의 미래 / 인간의 운명


제3부 진화의 춤

제8장 공진화 ― 생명의 그물 짜기
암술과 수술 / 공진화의 그물 / 생화학전 / 딱정벌레와 식물―3억 년에 걸친 경쟁 / 인간과 벌레의 싸움 / 개미―최초의 농부 / 홀로 남은 과부들

제9장 의사 다윈 ― 유전학 시대의 질병
병균의 승리 / 만병통치약의 종말 / 에이즈―매일매일 진화하는 바이러스 / 에이즈의 근원을 찾아서 / 흑사병이 구세주? / 병원체 길들이기

제10장 애정의 논리학 ― 양성의 진화
왜 양성인가? / 정자와 난자 / 암컷의 선택 / 정자들의 전쟁 / 성을 둘러싼 화학전 / 자궁 속에서의 줄다리기 / 어머니의 투자 / 다윈적 가족생활 / 유전자의 이익을 위하여 / 마음 착한 공작 / 침팬지들의 성적 역학관계 / 싸움 대신 사랑을


제4부 진화 속에서의 인류의 위치와 인류 속에서의 진화의 위치

제11장 수다 떠는 원숭이 ― 인간 진화의 사회적 뿌리
다윈이 생각한 인류 진화 / 도구와 협동 / 마음 이론의 진화 / 홍적세의 인간 / 동화와는 다른 결말 / 과학인가 비과학인가 / 언어를 향하여

제12장 5만 년 전의 삶 ― 현대인의 새벽
최초의 현생 인류 / 네안데르탈인의 DNA / 뛰어난 정신적 능력 / 비자연선택 Unnatural Selection / 인간의 손에 의한 진화

제13장 신에 관하여
다윈과 미국의 만남 / 진화론을 둘러싼 싸움 / 스코프스 원숭이 재판 / 창조과학의 등장 / 과학성의 검증 / 부활한 페일리 / 혈액 응고의 역사 / 실험을 거부하는 이론 / 과학의 한계 / 캔자스의 창조론 / 진화론을 외면한 대가 / 신을 믿는 진화론자 / 다윈의 침묵