전면 개혁의 사례로는 일본의 공익법인 개혁을 참조할 만하다. 일본도 우리와 유사한 법인관리제도, 즉 주무관청의 허가주의와 공익법인 판단 기준의 불명확성 등이 문제 되었으나 2008년 일반법인법, 공익인증법, 법인정비법 등 3법 제정을 통해 일본의 공익법인 관련 법체계를 전면 개혁했다. 이를 통해 민법의 공익법인 허가주의를 일반법인법에 의한 준칙주의로 개정하고, 공익인증법에 따른 공익위원회를 설치해 비영리법인이 공익법인으로 전환할 수 있도록 한 것처럼 한국도 시민사회 제도를 개혁할 필요가 있다.
--- 「제1장 시민사회 활성화 및 공익활동 증진을 위한 제도·정책 과제」 중에서

문제는 지역YWCA가 운영하는 부속시설이지만 법인 체계로 보면 법인의 지부 아래 다시 지부를 둘 수 없으므로 지역YWCA와 부속시설 간의 법적 관계가 애매하게 되었다는 점이다. 중앙법인으로서는 지부에 등기되지 못하는 부속시설이나 사업을 모두 중앙에서 관리해야 했기 때문에 지역YWCA의 행정을 지원하는 업무가 엄청나게 급증했다. 일례로 재구조화 전까지는 지역YWCA 부속시설의 계좌 개설, OTP 발급 등 금융기관에 제출하는 서류까지도 중앙법인 이사장의 개인 인감증명서가 필요했기 때문에 중앙 사무국에서는 인감증명서를 100여 장씩 발급해 놓고 퀵서비스나 등기로 보내는 것이 일상이었다.

한국YWCA 사례는 상법에서의 분할과 비교하면 중앙법인은 그대로 유지한 채 50개의 지점을 독립된 법인으로 분할하는, 이른바 ‘존속분할’을 했다고 볼 수 있다. 중앙법인의 지부였지만 이미 사단법인과 동일한 구조로 운영되었던 지역YWCA가 이미 보유하고 있던 재산과 인력, 사업을 법적으로 이전하는 과정에서 가장 커다란 문제는 바로 부동산의 이전에 따르는 취득세 재부과였다. 길게는 70년 이상, 적게는 20~30년 전에 기부받거나 취득한 부동산의 소유가 변경되면서 그에 따른 취득세, 재산세 등의 세금이 새로 부과되어 중복 과세의 문제가 발생했다?. 또한 지방세 감면 문제도 분할 과정에서 큰 장애물로 작용했다. 현행법상 공익법인의 모든 재산이 감면되는 것은 아니고 적용 범위도 제한적이어서 일부 시설만 감면 대상에 포함될 수 있다. … 무엇보다 법인 분할 과정에서 신규 법인의 재산 취득으로 해석하고 취득세 등 이중과세를 부과한 것은 부당한 처사라 할 수 있다.
--- 「제2장 비영리·공익법인의 설립 및 운영에 관한 제도적 한계」 중에서

시민단체, 비영리조직(NPO) 또는 비정부조직(NGO) 등이 법인으로서의 법적 지위를 확보하기 위해서는 … 민법 제32조에 따라 주무관청의 허가를 반드시 받아야 한다. … 첫째, 주무관청을 어떻게 정할 것인가 하는 점이다. 법인의 설립에 있어서 주무관청은 법인의 목적사업에 비추어볼 때 해당 목적사업과 관련한 정부기관이 주무관청이 된다. … 그렇지만 실제로는 목적사업에 따라 주무관청을 어디로 해야 할지는 분명하지 않은 경우가 많이 있다. 예컨대 한국 대중음악의 확산을 통한 다른 나라와의 선린관계 증진을 목적으로 한다면 문화체육관광부 혹은 외교부를 주무관청으로 생각할 수 있는데 둘 중 어디를 주무관청으로 정할 것인지는 매우 어려운 문제이다. 나아가 법인의 목적사업이 두 개 이상의 행정관청 소관 사항인 때에는 해당 행정관청으로부터 모두 허가를 받아야 하는지 아니면 그중 하나의 행정관청으로부터 허가를 받으면 충분한 것인지에 대해서는 다툼의 여지가 있다.
--- 「제3장 민법상 비영리법인 규정의 개정 방향」 중에서

실제 한 공익법인은 후원자들로부터 공익법인 직원인 연구원 인건비 용도로 정기 기부를 받아왔음에도 주무관청이 상근임직원 정수 승인 및 위 기부금의 기본재산 예외 승인을 거부하여 임금을 지급하지 못하는 상황에 이르렀다. 해당 공익법인이 행정소송을 제기하여 상근임직원 정수 승인 반려처분 취소 판결을 받은 후에야 주무관청으로부터 기부금 기본재산 편입 예외 승인을 받을 수 있게 되었다. 기부금의 사용은 기부자의 의사가 가장 중요함에도 상시 모금되는 모든 금원의 사용에 관해 주무관청이 권한을 갖게 됨으로써 민간의 자율적인 모금과 공익활동이 제한된 대표적 사례이다.
--- 「제4장 공익법인법 쟁점과 공익위원회 설치 제도개선 방향」 중에서

미국의 숌버그(Schaumburg) 마을은 모집 금품의 75% 이상을 ‘자선 목적’으로 사용하지 않는 비영리단체는 모집행위를 할 수 없다는 조례를 두었다. 이에 환경보호 비영리단체인 ‘더 나은 환경을 위한 시민들(Citizens for Better Environment)’이 이 기준을 충족하지 못해 모금 허가를 받지 못했다. 해당 비영리단체는 법원에 … 소송을 제기했고, … 연방대법원은 동일하게 25%의 기준을 두고 있었던 메릴랜드 주법(statute)에 대해서도 위헌임을 확인하면서 ‘위 법의 흠결은 높은 모집비용이 사기를 판단할 정확한 척도라는, 근본적으로 잘못된 전제에 근거하여 작동한다는 데 있다’고 지적하고, 일정 비율을 초과하는 비용은 과도하다고 가정하는 한 (면제 규정이 있는지 여부와 무관하게) 표현의 자유를 침해한다고 했다.
--- 「제5장 한국 기부금품 규제 체계의 문제점과 개선 방안」 중에서

더 큰 문제는, 기부 취득 재산에 대한 취득세이다. 만약 어떤 개인이 자신의 부동산을 공익법인에 기부하려고 해도, 그 부동산을 넘겨받는 공익법인은 법적으로 새로운 재산을 “취득”하는 것이므로 취득세 부과 대상이 된다. 현행 법령상 사회복지법인 등 일부는 감면 규정을 적용받을 수 있지만, 그렇지 않은 공익법인이나 기부 형태의 경우 12%에 달하는 취득세 부담이 발생할 수 있다?. 일례로 한 자선단체가 부동산 기부를 제안받았지만 취득세를 납부할 재원이 없어 기부를 받지 못했다는 일이 보도되기도 했다?. 기부자는 선의로 내놓겠다고 해도 받는 측에서 세금 문제로 거절해야 하는 상황이 생기는 것이다. 특히 고가의 부동산일수록 취득세 금액이 커지는데, 공익법인은 기부를 받아도 정작 그 세금을 마련하지 못해 곤란을 겪을 수 있다. 이는 부동산 기부 활성화의 걸림돌로 작용하고 있다.
--- 「제6장 공익법인의 지방세제 관련 구체적인 개편 방안」 중에서

공익법인이 출연받은 재산의 사후관리 의무를 위반하면 증여세 또는 가산세가 부과된다. 그러나 정작 사후관리 의무를 위반하여 증여세가 부과된 경우에는 해당 출연재산에 대한 사후관리 의무를 적용하지 않는다. 사후관리 의무에서 제외된 출연재산은 변칙증여나 편법증여에 악용될 수 있는데, 미국에서처럼 가산세로 일원화하고 사익 추구와 같이 공익법인의 면세제도를 이용하기 위한 변칙증여나 편법증여 등 중대한 위반 사항에 대해서는 가산세를 중과하는 형태로 과세제도를 개선할 필요가 있다.
--- 「제7장 공익법인 규제 완화를 위한 사후관리제도 개선 과제」 중에서

현행 비영리민간단체지원법 제6조 제2항에서는 “제1항에 따라 지원하는 소요 경비의 범위는 사업비를 원칙으로 한다”고 규정하고 있다. 이에 따라 비영리민간단체 공익활동지원사업에서는 단체의 운영 경비나 인건비에 대한 지원이 원칙적으로 제한되고 있다. 또한 비영리민간단체지원법 시행령 제2조에서는 사업비를 “법에 의하여 보조금을 받아 수행하는 공익사업에 소요되는 인적·물적 경비”라고 정의하면서, “다만, 인적 경비는 단체의 임직원에 대한 보수가 아닌 실비 성격의 경비에 한정한다”고 명시하고 있다. 이는 상근 활동가의 인건비 지원을 원칙적으로 금지하는 것을 의미한다.