당시 학교시설로서는 군현마다 향교(鄕校)가 있었고 중앙에 최고 국학(國學)인 성균과이 자리하고 있었다. 향교는 이때 이미 학교로서의 기능을 잃고 있었지만 성균관은 여전히 국학으로서의 면모와 권위를 유지하고 있었으므로, 당시 교육문제라고 하면 으레 향교와 국학의 재건과 강화를 주장했을 것이다. 그러나 퇴계는 향교와 국학에서는 참다운 공부가 불가능하며 오히려 유해하다고 판단했다. 그리고 향교와 국학과는 직접 관계가 없는 서원이야말로 성리학의 온상이 될 수 있다고 생각했던 것 같다.

퇴계는 일찍이 상사나 지우에게 보내는 많은 서한에서 그 이유를 설명하였는데 그것을 요약해보면 첫째, 향교와 국학은 지방도시나 서울 번화가에 위치하고 있어서 항상 분답(紛畓)한 반면 서원은 대체로 계산(溪山)이 청유한 곳에 자리잡고 있어서 조용하고 차분히 공부할 수 있고, 둘째, 향교와 국학은 나라의 제도와 규정에 얽매이고 과거로 인하여 옳은 학문에 침잠할 수 없는 반면, 서원에 서는 자유로운 분위기에서 출세주의, 공리주의를 떠나 순수한 학문연구에 몰두할 수 있다는 것이다.

특히 두번째 이유는 서원의 가치를 결정적인 것이 되게 하였다. 당시 향교와 국학이 과거와 관련하여 출세주의, 공리주의로 쏠린 것이 이미 체질화한 상황이었지만 서원은 일단 모든 세속적 관련에서 떠나 올바른 인재를 양성해냄으로써 지방에서 새로운 정치 에너지가 개발될 수 있었다.

이리하여 퇴계는 풍기 군수 시절 백운동서원의 확충을 위시해서 서원창설운동에 적극성을 띠었고 서원을 통한 성리학의 토착화에 큰 기대를 걸었다. 퇴계 생존시에 이미 적지 않은 서원이 설립되었고 그 중 대부분은 퇴계에 의해 명명되거나 기문이 붙은 것들이다. 퇴계의 <서원십영시>에 의하면 전국 9개 서원 가운데 해주와 강릉 두 곳을 제하고는 모두 영남지방의 서원들이다. 우리 나라 서우너 초창기에 퇴계가 끼친 영향력을 짐작하고도 남을 만하다.

『조선철학사』에 대한 선행연구에서 이미 지적된 바와 같이, 북한의 철학연구가 안고 있는 일반적인 문제점은 사실 기술에서의 진실성의 문제, 한국 철학사를 오직 관념론과 유물론의 투쟁과정으로 파악하는 지나친 단순화와 철학의 내재적 구조나 논리적 정합성을 찾으려는 노력보다는 외재적인 요인에 의해 과거의 철학을 규정하는 방식 등이 지적될 수 있고, 퇴계에 대한 연구도 예외는 아니다.

북한의 이러한 경직된 연구경향은 중국의 철학사 기술과의 상호 비교를 통해서 명백히 드러난다. 냉전체제하의 중국학계에서도 반관념적, 반형이상학적 철학이 금세기를 휩쓸었음에도 불구하고 전통문화에 대한 해석에서는 그들 고유의 격의(格義)정신이 드러난다. 전술한 바와 같이, 그들도 철학사를 연구함에 있어 반드시 계급분석 방법을 정확히 적용할 것을 강조하고 중국의 고대철학의 발전과정을 유뮬주의 대 유심주의 투쟁과정으로 이해하는 기본적인 도식을 적용하고 있다. 그러나 중국학계의 상대적 유연성은 다음과 같은 발언으로도 쉽게 확인할 수 있다.

일반적으로 유물주의는 진보적 계급과 계층을 대표하며 유심주의는 보수적 게급과 계층을 대표한다고 말한다. 그러나 이것은 일련의 특수상황을 아주 배제하지는 않는다. 역사 사실은 일정한 조건 아래 상반되는 상황이 나타날 수 있다. 어떤 진보적 사상가는 유심주의를 주장한다. 특별히 새로운 생산관계의 맹아가 출현할 때 새로운 계급 혹은 계층이 초기에는 유약한 것이며 역량이 없다. 새로운 계급 혹은 계층을 대표하는 새로운 생산관계 맹아의 사상가들이 자주 유심주의를 채택하낟. 예를 들어 며대 후기의 이지나 명청 시대의 당겨은 당시 시민계급의 요구를 반영하였으나, 철학상에서는 기본적으로 유심주의였다. 어떤 시기에는 유물주의 사상을 갖춘 사람이 오히려 반동적이었다... 유심주의 철학은 기본적으로 잘못된 것이다. 그러나 완전히 엉터리는 아니다. 유심주의는 인간의 주관적 능동성을 강조한 점에서는 정확한 것이며 또한 역사적 진보적 작용을 하였다. 이 문제는 비교적 복잡한 것으로 간단하게 설명할 수 없다.

중국학계의 이러한 개방된 의식은 "철학사에서 유심주의는 주관적인 능동성을 강조하며, 유물주의자들의 부족한 점을 보충하고, 유심주의는 많은 유물주의자가 소홀히 다룬 문제를 연구함으로써 유물주의자가 이러한 문제를 깊이 다루게끔 촉진시켰다"는 인식에서 비록된 것이다. 이와 같은 관점에 설때, 주기론자는 모두 기층민중의 이익을 대변하는 진보적 사상가로 자리매김하고 주리론자는 모두 지배계층의 이익을 적극 변호하는 반동적 사상가로 매도하는 북한의 철학연구는 오히려 지극히 관념적인 것이다. 조선조 문화의 특수성을 감안할 때 주리, 주기의 나눔은 계급적 의식의 차이에 의한 것이 아니다. 대부분 사승관계(師承關係, 혼척관계(婚戚關係), 지역적 연고 등 비경제적 요인이 일차적인 규정 요소로 작용한 것이 명백하다.

따라서 주기론은 선한 유물론이며 주리론은 악한 관념론이라는 북한의 형식논리는 재고되어야 한다. 그러나 동시에 <조선철학사>의 서술체계는 전적으로 오류이며, 전면적으로 파기되어야 한다고 고집하는 태도는 퇴계철학의 참다운 발전을 위해서는 결코 바람직하지 않은 태도이다. 20세기 철학을 반플라톤주의로 요약하 수 있을만큼 철학사에서 플라톤의 위치는 확고한 것이다. 이에 우리가 지금 진지하게 검증해 보아야 할 것은 유물론적 이해태도를 일방적으로 죄악시할 것이 아니라 관념론과 진정한 의미에서의 유물론적 이해태도, 이 양자의 관계를 어떻게 조화롭게 통합할 것인가 하는 점이다.

『조선철학사』에 대한 선행연구에서 이미 지적된 바와 같이, 북한의 철학연구가 안고 있는 일반적인 문제점은 사실 기술에서의 진실성의 문제, 한국 철학사를 오직 관념론과 유물론의 투쟁과정으로 파악하는 지나친 단순화와 철학의 내재적 구조나 논리적 정합성을 찾으려는 노력보다는 외재적인 요인에 의해 과거의 철학을 규정하는 방식 등이 지적될 수 있고, 퇴계에 대한 연구도 예외는 아니다.

북한의 이러한 경직된 연구경향은 중국의 철학사 기술과의 상호 비교를 통해서 명백히 드러난다. 냉전체제하의 중국학계에서도 반관념적, 반형이상학적 철학이 금세기를 휩쓸었음에도 불구하고 전통문화에 대한 해석에서는 그들 고유의 격의(格義)정신이 드러난다. 전술한 바와 같이, 그들도 철학사를 연구함에 있어 반드시 계급분석 방법을 정확히 적용할 것을 강조하고 중국의 고대철학의 발전과정을 유뮬주의 대 유심주의 투쟁과정으로 이해하는 기본적인 도식을 적용하고 있다. 그러나 중국학계의 상대적 유연성은 다음과 같은 발언으로도 쉽게 확인할 수 있다.

일반적으로 유물주의는 진보적 계급과 계층을 대표하며 유심주의는 보수적 게급과 계층을 대표한다고 말한다. 그러나 이것은 일련의 특수상황을 아주 배제하지는 않는다. 역사 사실은 일정한 조건 아래 상반되는 상황이 나타날 수 있다. 어떤 진보적 사상가는 유심주의를 주장한다. 특별히 새로운 생산관계의 맹아가 출현할 때 새로운 계급 혹은 계층이 초기에는 유약한 것이며 역량이 없다. 새로운 계급 혹은 계층을 대표하는 새로운 생산관계 맹아의 사상가들이 자주 유심주의를 채택하낟. 예를 들어 며대 후기의 이지나 명청 시대의 당겨은 당시 시민계급의 요구를 반영하였으나, 철학상에서는 기본적으로 유심주의였다. 어떤 시기에는 유물주의 사상을 갖춘 사람이 오히려 반동적이었다... 유심주의 철학은 기본적으로 잘못된 것이다. 그러나 완전히 엉터리는 아니다. 유심주의는 인간의 주관적 능동성을 강조한 점에서는 정확한 것이며 또한 역사적 진보적 작용을 하였다. 이 문제는 비교적 복잡한 것으로 간단하게 설명할 수 없다.

중국학계의 이러한 개방된 의식은 "철학사에서 유심주의는 주관적인 능동성을 강조하며, 유물주의자들의 부족한 점을 보충하고, 유심주의는 많은 유물주의자가 소홀히 다룬 문제를 연구함으로써 유물주의자가 이러한 문제를 깊이 다루게끔 촉진시켰다"는 인식에서 비록된 것이다. 이와 같은 관점에 설때, 주기론자는 모두 기층민중의 이익을 대변하는 진보적 사상가로 자리매김하고 주리론자는 모두 지배계층의 이익을 적극 변호하는 반동적 사상가로 매도하는 북한의 철학연구는 오히려 지극히 관념적인 것이다. 조선조 문화의 특수성을 감안할 때 주리, 주기의 나눔은 계급적 의식의 차이에 의한 것이 아니다. 대부분 사승관계(師承關係, 혼척관계(婚戚關係), 지역적 연고 등 비경제적 요인이 일차적인 규정 요소로 작용한 것이 명백하다.

따라서 주기론은 선한 유물론이며 주리론은 악한 관념론이라는 북한의 형식논리는 재고되어야 한다. 그러나 동시에 <조선철학사>의 서술체계는 전적으로 오류이며, 전면적으로 파기되어야 한다고 고집하는 태도는 퇴계철학의 참다운 발전을 위해서는 결코 바람직하지 않은 태도이다. 20세기 철학을 반플라톤주의로 요약하 수 있을만큼 철학사에서 플라톤의 위치는 확고한 것이다. 이에 우리가 지금 진지하게 검증해 보아야 할 것은 유물론적 이해태도를 일방적으로 죄악시할 것이 아니라 관념론과 진정한 의미에서의 유물론적 이해태도, 이 양자의 관계를 어떻게 조화롭게 통합할 것인가 하는 점이다.