톰은 어린 나이에 부모도 없이 주인인 그라임즈에게 매를 맞으며 살아야 하는 굴뚝 청소부다. 어느 날 톰은 그라임즈와 함께 하트호버 저택에 굴뚝을 청소하러 가는 길에 ‘아일랜드 여인’을 만난다. 이 여인은 “깨끗해지고 싶은 사람은 깨끗하게 될 것이고, 더럽게 되고 싶은 사람은 더럽게 될 것이다.”라는 말을 남기고 사라진다. 톰은 하트호버 저택에서 굴뚝 청소를 하다가 그만 길을 잃어 주인집 아가씨인 엘리 방에 들어가는 실수를 한다. 그래서 누명을 쓰고 벤데일이라는 곳까지 겨우겨우 도망을 간다. 늙은 부인의 도움을 받아 겨우 살았지만 너무 지쳐 열이 오른 상태에서 강으로 들어갔다가 그만 잠이 들어 죽게 된다. 그러나 톰은 육지와 물에서 모두 살 수 있는 물 아이로 부활하면서 시꺼메진 낡은 껍데기도 벗고 그 동안 배운 상스러운 말과 겪은 일 들을 모두 잊어버린다.
물 속으로 들어간 톰은 벤데일의 강가에서 땅의 아이였을 때처럼 물 속 생물들을 괴롭힌다. 그래서 다른 물 아이들이 옆에 있어도 보지 못한다. 그러다가 우연히 통발에 걸린 바닷가재를 구해 줌으로써 이기적인 마음 때문에 보지 못했던 물 아이들을 볼 수 있게 된다. 그 뒤 톰은 바다 한가운데 떠 있는 성 브랜든 섬으로 간다. 그 곳에서 톰은 ‘한대로받으리’ 요정과 ‘바라는만큼해라’ 요정에게서 착한 아이가 되라는 가르침을 받지만 자기 욕심을 억누르지 못해 가시가 돋는다. 톰의 가시를 없애기 위해서 여선생이 오는데, 여선생은 물 아이가 된 엘리였다. 톰은 엘리에게서 ‘어머니 품 안에서 배워야만 했던 것’을 배워 영혼이 깨끗하게 된다. 순수함 때문에 다른 물 아이들과는 다른 상을 받게 된 엘리는 일요일마다 어떤 특별한 곳에 가게 되는데, 톰은 그 곳을 따라갈 수 없다. 톰이 그 곳에 가기 위해서는 ‘아무데도 없는 곳의 저 끝’에 가서 그라임스를 구해야 한다. 그래서 톰은 ‘하고 싶지 않은 일을 해야 한다.’는 ‘한대로받으리’ 요정의 가르침을 따라 여행을 떠난다. 톰은 여행 중에 ‘평화의 연못’에서 ‘케리 엄마’를 만나 ‘아무데도 없는 곳의 저 끝’을 갈 수 있는 방법을 들은 다음, 다양한 나라와 여러 유형의 사람을 만나는 수많은 모험 끝에 자기를 괴롭혔던 그라임즈를 특수 감옥에서 구해 낸다. 그 보상으로 톰은 헤어졌던 엘리를 다시 만나 엘리와 함께 집에 갈 수 있게 된다.