1950년대 중후반, 경찰 대공 수사관인 한 사내(차준수)가 좌익 지식인 유진명을 수사하던 중 여동생 유진숙을 강간한다. 그 결과 시골 초등학교 선생이던 유진숙은 한 생명을 잉태한 뒤 훗날 천하에 없던 괴이한 생명체, 즉 토끼 영장류를 출산한다. 이후 곧바로 입을 닫아건 채 스스로 퇴행의 길을 택한 유진숙은 아이를 안고 어느 시골 마을에 정착한다. 차준수는 유진숙을 찾아내 자신의 첩으로 삼고 이후 둘째아들도 낳는다. 이번에는 ‘정상적’인 인간 영장류(차상무)다. 그 무렵 조직에서 밀려나고 외항선을 타기 시작한 차준수는 집에 들를 때마다 유진숙에게 폭력을 행사한다. 국가 폭력, 나아가 가부장제의 폭력적 전형이라 불릴 수 있는 차준수를 아들 차상무는 고스란히 빼닮는다. 반면 형인 토끼 영장류 차상문은 어려서부터 IQ 200이 넘는 천재로 두각을 나타내지만, 동시에 누구보다 겁이 많고 생각이 많다. 그는 비단 아버지의 폭력뿐만이 아니라 인간 영장류 일반이 주변 생물들(개, 닭)에게 가하는 일상적인 폭력을 트라우마처럼 지니게 된다.
차상문은 미국 버클리대로 유학을 떠난다. 그즈음 아버지 차준수는 기항지에서 북한 선원들을 만났다는 이유로 부하 선원들에게 폭력을 휘두르다 끝내 살해당한다. 차상문은 아버지의 죽음을 전혀 슬퍼하지 않는다. 오히려 아버지가 제 생의 비밀에 대해 어떤 해명도 하지 않고 떠났다는 사실에 분개할 뿐이다.
버클리에서 차상문은 놀라운 광경을 목격한다. 토끼 영장류가 자기만이 아니었던 것이다. 지구 곳곳에서 차상문과 같은 토끼 영장류가 태어났던 것은 사실이다. 그들은 하나같이 과거 제국주의의 침략을 경험한 나라 출신들이다. 진보적인 학풍의 버클리가 그들을 ‘미래지구의 종다양성을 위한 프로젝트’를 통해 받아들인 것이다. 차상문은 베트남전 반전운동을 펼치던 한 여자 토끼를 만난다. 그러나 첫 만남이 곧 마지막 만남이었다. 알고 보니 그녀는 북조선 출신이었던 것이다. 차상문은 어려서부터 주입식으로 교육 받은 국가/반공이데올로기의 덫으로부터 결코 자유롭지 못했다. 그후 차상문은 미국인 여자 주디를 만난다. 그녀는 비버리힐스에 사는 엄청난 부자에 히피이며, 동물해방론자이고 무엇보다 넘치는 성욕을 주체하지 못하는 여성이다. 그녀를 통해 차상문은 가난한데다 끊임없이 개벌이데올로기와 반공이데올로기로 국민들을 억압하는 조국의 실체를 뼈저리게 깨닫는다. 그리고 결심한다. 앞으로는 ‘육체적 교미’ 대신 ‘정신적인 교미’로 만족하겠노라.
차상문의 생애 첫 번째 전환점이 찾아온다. 그는 몬타나의 깊은 숲속에서 숨어 살던 한 은자로부터 편지를 받는다. 그는 버클리대 수학과 역사상 최연소 교수직을 팽개치고 몬타나로 향한다. 그것은 자신의 존재의미를 찾는 기나긴 여행의 출발이기도 했다. 나중에 밝혀지지만 은자는 훗날 산업혁명 전체와 맞서 홀로 ‘전쟁’을 시작한 유나바버(실존 인물 카진스키: 소설에서는 쿠나바머)였다. 차상문은 그와의 교류를 통해 인간 영장류가 끌고 온 문명의 역사에 대해 ‘근본적인 동시에 급진적인’ 인식을 굳히게 된다.
귀국 후 그는 국립 서울대학교 수학과 교수로 재직한다. 그러나 때는 바야흐로 80년대. 그는 일상적으로 전개되는 민주화투쟁 과정에서 아무 것도 할 수 없는 나약한 지식인인 자신의 존재를 다시금 확인했을 뿐이다. 그는 제자가 국가 폭력의 희생자로 죽음을 맞게 되자 교수직을 사퇴한다. 그후 그는 신촌에서 채리, 김야무, 지니, 이렇듯 세 여자를 만나 ‘꿈꾸는 영장류’라는 조직을 결성하고 때마침 전개되는 유월 항쟁에 적극적으로 참여한다. 하나같이 가부장제와 비굴한 한국사의 희생자들인 그들이 벌이는 싸움의 방식은 아주 독특하다. 이를테면, 생물의 종다양성을 떠올려본다든지, 지구상에서 사라져가는 소수의 언어를 살리자는 식의.
그러던 어느 날 차상문에게 제2의 전환기가 찾아온다. 한 순댓국집에서 밥을 먹다가 텔레비전에서 다큐 프로그램을 어쩔 수 없이 보게 된 것. 베이징 카오야(오리 화덕구이)에 관한 프로그램으로 컨베이어 벨트를 타고 일렬로 행진해오던 오리들이 홀라당 털이 뽑히고 발라당 뒤집혀 갈고리에 두 발이 탁 묶인 채 거꾸로 확 뒤집혀 대롱대롱 매달린 자세로 아직 눈도 멀쩡히 뜬 채 자기들에게 지금 무슨 일이 일어나는지 두 눈으로 빤히 보면서도 도무지 믿을 수 없다는 표정으로 고스란히 섭씨 천 도가 넘는 화염 속으로 직행하고 있었던 것!
시간이 흐른 뒤 정부 교육인적자원부를 비롯한 여러 곳에 폭발물 상자가 배달된다. 그러나 유나바머와 달리 상자를 열면 고작 물감이 터질 뿐이었다. 그것들은 당연히 차상문의 작품. 그는 걸을 때 제발 “쿵쿵거리지 말아 달라”고 요구했다. 말하자면 그것은 인간의 직립보행, 나아가 인류의 존재 이유와 존재 ?식 자체에 대해 근본적인 성찰을 요구하는 것이기도 했다. 하지만 그런 요구가 인간 영장류에게 먹혀들 리 만무할까. 가령 아우 차상무는 어떤가. 그는 아내를 무지막지하게 패는 것으로도 모자라 불가리아 출신 어린 무용수에게 오피스텔을 얻어주고 그 대가로 성의 환락을 선사받는 식의 생활을 영위한다. 그는 불가리아로 쫓겨나고 끝내 자살을 감행하는 그 어린 무용수가 그의 씨앗(여자 토끼 영장류!)을 낳았다는 사실도 인정하지 않는다. 그가 믿는 것은 한국산 콘돔의 우수한 품질이다.
차상문은 절망의 벼랑 끝에서 정관수술을 받고 그 스스로 ‘장엄한 전쟁’이라 칭한 전쟁의 마지막 단계를 시도한다. 그는 인간 영장류의 곁에서 위태롭게나마 존재했던 토끼 영장류가 흔적도 없이 사라짐으로써 그들에게 무엇인가 상처 혹은 각성의 계기를 남길 수 있지 않을까 판단했던 것이다. 그런가? 그는 어머니가 아버지에게 강간을 당했던 초등학교 뒷산 동굴을 절멸의 장소로 선택한다. 벽돌이 하나 둘 쌓아지고, 마침내 마지막 햇살마저 사라진다.