행복 교실의 스마일 선생님은 항상 웃고 있지만 아이들의 속마음을 꿰뚫어 본다. 어느 날 스마일 선생님은 강웅, 나무, 오필이, 선표, 병희, 다미, 여섯 명의 아이들에게 합창 대회에 나갈 것을 권유한다. 각자 자기만의 문제를 가지고 있던 아이들은 합창 연습을 하면서 여러 가지 문제들에 부딪힌다. 그때마다 아이들은 자신의 고민을 적은 편지를 학교 앞의 우체통에 넣어 두는데, 신기하게도 다음 날이면 아이들의 고민을 해결해 주는 답장이 배달되어 온다.

1. 반쪽이의 노래(정직 이야기)
합창 대회 연습을 하는 첫날, 아이들은 각자 자신들이 써 온 가사를 가지고 오필이의 집에 모인다. 아이들은 가사를 읽어 보던 중 ‘반쪽이의 노래’라는 다미의 가사를 마음에 들어 한다. 하지만 자신의 가사가 선택되자 다미는 이내 울음을 터트리고 그 가사가 사실, 언니가 쓴 글에서 베꼈다고 고백한다. 다미를 보호하려는 강웅이와 다미의 잘못을 지적하는 나무가 싸움을 벌인다.

2. 제멋대로 친구는 싫어!(약속 이야기)
병희는 치과에 갈 생각만 하면 겁이 난다. 그런 병희의 마음을 알고 선표가 같이 가 주겠다며 약속을 한다. 마침 학교 청소 당번이었던 병희는 선표를 만날 생각에 교실 청소를 어느 때보다 열심히 한다. 하지만 약속 시간이 지나도록 선표는 보이지 않고, 병희는 그런 선표가 걱정스럽다. 결국 치과도 가지 못한 병희는 합창 연습을 하러 오는데, 그곳에서 병희와의 약속은 잊고 다른 친구의 생일 파티에 다녀온 선표를 만난다. 병희와 선표는 가벼운 실랑이를 벌이고, 선표는 자신의 행동에 대해 반성하는 편지를 써 비밀의 우체통에 넣어 둔다.

3. 어느 비 오는 날 (용서 이야기)
일 년 전 과학실 사건이 있기 전까지 나무와 강웅이는 그 누구보다 절친한 친구였다. 선생님 몰래 과학실에 들어간 나무와 강웅이. 강웅이는 친구들과 장난을 치다 실수로 인체 모형을 망가뜨린다. 그리고 그 당시 반장이었던 나무는 이 일을 선생님에게 말하고 둘 사이는 멀어진다. 어느 비 오는 날, 나무는 강웅이를 찾아가 선생님에게 이른 일을 사과하고 화해하자고 한다. 마음속으로 나무와 화해하고 싶었던 강웅이는 먼저 손을 내밀지 못해 후회한다.

4. 1년 전 과학실에서 (책임 이야기)
나무는 강웅이와 화해했지만 자신이 뭘 잘못했는지 이해하지 못한다. 과학실 사건 이후, 반 아이들은 나무를 따돌리며 ‘고자질 반장’이라고 부르자, 나무는 점점 반장으로서의 역할을 제대로 하지 못한다. 결국 나무는 자신의 고민을 써 우체통 안에 넣어 두고, 다음 날 친구와의 사적인 우정보다 반장으로서의 공적인 책임을 더 소중히 생각한 나무가 옳았다는 답장을 받게 된다.

5. 목소리를 보호해! (배려 이야기)
합창 대회 날은 점점 다가오고, 선표는 계속 쉰 목소리가 나와서 걱정한다. 친구들 몰래 병원을 다녀오지만 변성기가 왔는지, 목소리가 고쳐지지 않는다. 아이들은 선표의 목소리를 위해 목에 좋은 건강 식품을 챙겨 주고 선표는 그런 친구들의 행동이 더욱 부담스러울 뿐이다. 결국, 선표의 마음을 이해한 아이들은 진정한 배려에 대해서 생각해 본다.

6. 잃어버린 따또(소유 이야기)
다미는 가방에 늘 달고 다니던 낡은 천 인형 따또를 잃어버린다. 엄마가 유품으로 남긴 물건이기에 다미에게는 그 무엇보다도 소중하다. 한참 동안 따또를 찾던 다미는 청소하던 아이들이 쓸모없는 물건이라며 따또를 공처럼 차고 놀았다는 사실을 알게 된다. 다미는 눈물을 터뜨리고, 그 모습을 옆에서 안타깝게 지켜본 오필이는 남의 물건을 어떻게 다뤄야 하는지에 관해서 편지를 쓴다. 다음 날 깨끗하게 세탁 된 따또가 우체통을 통해 다미의 품으로 돌아온다.

여섯 명의 아이들은 각자 자신의 고민을 해결하면서 합창 대회를 무사히 치른다. 그리고 답장에서 나는 향기가 스마일 선생님에게서 나는 향기와 같다는 것을 알게 된다. 행복 학교 아이들은 아름다운 화음을 만들어 내고, 스마일 선생님과 웃으면서 사진을 찍는다.