이 땅에 하나님의 교육이 이루어지기를 소망하면서 2006년 2월에 출범하였다. 축복이 아니라 저주와 고통이 되어 버린 교육현실을 향해 애통하는 마음을 품고 기도하며, 진정한 기독교교육을 실천함으로 이를 치유하여 교육의 영역에서 하나님의 나라를 실현하는 비전을 갖고 있다. 연구소는 기독교대안학교 팀, 미션스쿨-공교육 팀, 기독학부모-교회학교 연계팀이 있어 교육이념, 교육정책, 교육과정, 교육방법, 교육행정, 교육상담 및 생활지도, 교사교육, 학부모교육 등을 연구하고, 그 결과를 홍보, 출판, 연수 등을 통하여 보급함으로 기독교학교(기독교계 사립학교, 기독교대안학교), 기독교사, 기독학부모, 교회를 지원한다.