컴퓨터 천재 인서는 <13의 비밀>이라는 사이트에서 왜 매미는 17년이나 땅속에서 애벌레로 지내야 하는지를 묻는 질문에 묘한 호기심을 품게 된다. 그러나 다시 접속하려던 그 사이트가 며칠새 사라져버리자, 인서는 <비밀의 숫자 13>이라는 사이트를 만들어 상대의 반응을 기다린다. 한편 지도교수의 소개로 통도사의 지관 스님을 찾아가 매미의 수수께끼에 대한 해답을 구하자, 스님은 백두산에 있는 진도자(眞道子)를 찾아가 보라고 한다.

어느 날 인서에게 보내온 사이트를 폐쇄하라는 경고 메일. 그 메일의 주인공은 바로 <13의 비밀>이라는 사이트를 개설한 나딘 박사로 그는 수비학에 정통한 세계적 수학자다. 나딘은 중앙아시아의 한 야인으로부터 세상의 모든 지혜를 담고 있는 마지막 숫자가 있다는 것, 그리고 카발라와 짝을 이루는 또다른 경전에 그 마지막 수가 숨어 있다는 기이한 말을 들은 후, 다시 그 야인을 만나려는 목적에서 <13의 비밀>이라는 사이트를 열었던 것이다. 인서와 나딘 박사, 그리고 <비밀의 숫자 13> 사이트에 관심을 보인 환희는 진도자를 찾아 백두산으로 향한다. 17년 매미의 신비를 풀어낸 진도자에게 나딘은 미국의 많은 상징들이 13이라는 숫자로 나타난다는 사실과 13을 신봉하는 프리메이슨의 존재를 얘기하며, 마지막 숫자를 알아내기 위해 그들의 최고 지도자 전시안을 찾고 있는 중이라고 털어놓는다.

한편 《뉴욕타임스》 기자 핼로란은 우연히 목격한 빌 게이츠를 비롯한 세계 경제 거물들의 비밀 회의에서, 그 거물들을 배후에서 움직이는 존재가 있다는 사실, 그리고 그 최고 지도자인 전시안이 세계의 모든 인터넷 주식을 확보하려 한다는 사실을 듣고 이를 기사화하려 하지만 퇴짜를 당하고 만다. 그후 계속 그들의 존재를 캐던 핼로란은 문화인류학자 터너 박사의 피살 소식을 접하고, 터너의 동료 애덤스 박사로부터 그들이 울란우데에서 탄트라 경전을 몰래 가져왔다는 것, 그리고 거기에는 사라진 대륙 레무리아에 대한 기록이 있다는 고백을 듣는데….

자신의 진로에 대해 고민하던 인서는 아시아시티웹그룹이라는 인터넷 회사의 문을 두드린다. 그 회사의 회장 팬저는 빌 게이츠, 마사요시와 함께 세계 인터넷 시장을 삼분할 인물로 주목받는 인물이다. 팬저는 부산의 생생한 모습을 인터넷에 옮기는 부산닷컴을 나스닥에 상장할 계획을 세운다. 그러나 인터넷을 세계 지배의 수단으로 이용하려는 세력은 부산닷컴이 만들어낼 커뮤니티의 힘을 사전에 꺾어버리고자 팬저의 계획을 무산시키는데, 결국 팬저는 이대로 주저앉고 말 것인지….

시베리아에서 매머드의 무덤을 조사 중인 진도자를 찾아간 나딘 박사와 인서는 지구의 물리적 변화에 대한 비밀, 즉 현생 인류는 이 지구상에 나타난 다섯 번째 인류로 지구의 생성과 소멸에 관한 비밀을 풀어야만 한다는 얘기를 듣는다. 전시안 역시 이 비밀의 해답을 구하는 중이며, 그러기 위해서는 유대인의 경전 카발라와 짝을 이루는 또 하나의 경전을 찾는 일이 시급함을 알려준다. 한국에 돌아온 인서는 핼로란 기자로부터 애덤스 박사가 그 경전을 찾으러 한국에 갔다는 소식을 듣는다. 세계의 경전에 조예가 깊은 애덤스는 전부터 수메르 문화와 한국 문화의 유사성에 주목하고 있었던 것이다. 이에 나딘은 요한묵시록에 나타난 신비 숫자 144에 주목하고는 인서와 함께 숫자를 포함한 한국의 경전 연구에 몰두하지만 난황을 거듭하는데`…`….

그러던 중 인서는 뜻밖에도 환희의 조부가 대종교의 통령이었으며, 현재 환희는 단군의 조상을 섬기는 환인교의 교주임을 알게 된다. 숫자 144와 경전에 대한 의문으로 고민하는 나딘과 인서에게 환희는 환인교의 인후 교주로부터 바둑판과 환웅 시대의 『신지비사』, 그리고 고구려의 『개물교화경』에 숫자 144가 숨겨져 있다는 말을 전한다. 여기에는 오시리아 숫자와의 연관이 숨어 있는데`…`…. 더구나 횐희에게 소개받은 인후 교주의 서간에서 『격암유록』이라는 또다른 문서에 주목하고, 거기에 기록된 천부경이라는 진경을 발견한다. 그러나 불과 81자로 이루어진 천부경의 해석은 어렵기만 하다.

천부경에 대한 확신이 선 이들은 전시안에게 그것을 전달해 그를 세상으로 끌어내고자 태백산으로 불러들인다. 그리고 전시안으로부터 어떻게 해서 천부경이 카발라와 짝이 되는 경전인지를 듣게 되는데, 거기에는 사라진 대륙 레무리아의 무서운 역사와 그들이 저지른 끔찍한 실험, 그리고 인류의 슬픈 비밀이 숨겨져 있다. 천부경을 손에 쥔 전시안은 과연 인터넷을 통해 세계를 지배하려는 프리메이슨들에게 어떤 미래를 제시할 것인지, 그리고 인터넷을 돈이 아닌 인간과 결부시키고자 하는 팬저는 또 어떤 선택을 할 것인지….