1864년 보성에서 태어난 서재필은 일곱 살 때에 상경하여 외삼촌인 김성근의 집에서 한학을 배웠고, 과거에 합격하여 교서관 부정자에 임명되었다. 이 무렵 김옥균, 서광범, 홍영식, 박영효 등 개화 인사들과 교류하여 개화사상을 받아들이게 된다. 임오군란 이후 군대의 근대화에 뜻을 두고 일본의 토야마 군사학교에 입학하여 근대식 군사 훈련을 받았다. 하지만 1년여 만에 조선 조정의 지원이 끊겨 과정을 마치지 못하고 귀국한다. 1884년 12월 김옥균, 박영효, 서광범, 홍영식 등과 함께 갑신정변을 일으킨다. 갑신정변 진행 중에 사관생도들을 지휘하여 왕을 호위하고 수구파를 처단하였으나 정변이 삼일천하로 실패하자 김옥균, 박영효, 서광범 등과 함께 일본으로 망명하였다가 박영효, 서광범과 함께 미국으로 망명하였다.
미국 샌프란시스코에 도착하여 낮에는 돈을 벌고 밤에는 YMCA에서 영어 공부를 하다 사업가 존 웰스 홀렌백의 후원으로 힐먼고등학교를 졸업한다. 이때 홀렌백은 서재필에게 목회자가 되어 조선에 돌아가 선교 활동을 해주기를 바랐으나 미국 망명 당시 역적으로 몰렸던 서재필이 조선으로 돌아갈 수 없다고 하자 후원을 중단하게 된다. 이 무렵 필립 제이슨이라는 미국식 이름을 만들고 생활을 위해 미국 시민권을 얻었다. 그후 우연히 알게 된 빌링스 대령을 통해 육군 의학도서관에서 일하며 야간 라파예트 의과대학을 무사히 마쳐 한국인 최초의 서양 의사가 되었으며 우연한 인연으로 알게 된 뮤리엘 암스트롱과 결혼한다.
그사이 조선에서는 갑오개혁이 일어나 대개혁을 단행함과 동시에 갑신오적에게 내려진 역적의 죄명이 벗겨졌다. 박정양 내각은 서재필을 외무협판으로 임명하고 그의 귀국을 종용하였으나 곧바로 귀국할 수 없었다. 뒤이어 갑오개혁 내각에서 내부대신이었다가 실각한 박영효가 또다시 귀국을 종용하자 서재필은 사업을 정리하고 귀국하였다. 귀국 직후 중추원 고문에 임명되었다. 그는 귀국 후 가장 시급히 해야 할 일이 백성의 계몽이라 보고 신문 발간 사업을 추진하였다. 정부의 지원을 받아 1896년 4월 7일 <독립신문>을 창간하였다. <독립신문> 창간에 이어 독립 협회를 창설하고 고문이 되었다. 독립 협회의 창설과 함께 독립문을 건립하였다. 또한 배재학당 강사로 청년들을 교육하면서 협성회라는 학생 토론회를 조직하였다. 또한 신문 논설과 강연 및 강의를 통하여 우리 민족에게 서양의 사정과 세계의 형편을 가르쳤고, 민족 독립 사상을 고취하고 민주주의 사상을 가르쳤다. 그러나 수구파 정부를 비판하기 시작하고 열강의 이권 침탈을 정면으로 비판하자 그의 막대한 영향력을 꺼린 수구파 정부와 열강의 방해로 다시 미국으로 추방된다.
미국으로 돌아간 그는 다시 병원을 개업하여 의료 활동을 벌였다. 식민지 조선에서 일어난 3?1 운동 소식을 듣자 전 재산을 정리하여 독립운동에 썼다. 일본 제국주의를 전 세계에 규탄하여 조선의 독립을 세계 여론에 호소하는 한편, 한인 친우회를 결성하여 재미 교포들을 결속시키고 미국인 친우들을 모아서 독립운동 후원회를 만들었다. 이러한 활동으로 가산을 소진하자 다시 펜실베이니아대학의 강사로 지내며 여러 병원의 고용 의사로 근무하였다.
해방되자 하지 중장의 요청을 받아 귀국하였다. 미군정 당시 강연과 언론 활동을 통해 민의를 모으는 데 힘썼으며 각계각층의 인사들을 만나 새로운 독립 국가의 기틀을 다지는 데 영향을 미쳤다. 미군정이 끝나자 서재필 지지 세력이 확대되는 것을 경계한 정치권의 견제로 또다시 미국으로 돌아갔다. 미국에서 정부 수립과 6?25 발발 소식을 들었으며, 한국전쟁이 끝나는 것을 보지 못한 채 숨을 거두었다.