한결이네 가족은 할머니가 사는 시골로 이사를 오게 되었다. 서울에 살던 한결이는 친구도 없고 놀 곳도 없는 시골이 따분하기만 하다. 그러던 어느 날 저녁, 소쩍새 소리를 처음 듣게 된 한결이. 그 뒤로 누나 은결이와 함께 조류도감을 들고 직접 새를 찾아다닌다. 자연스럽게 철새와 텃새에 대해 알게 되면서, 한결이는 차차 자연에 흥미를 느끼게 된다. 게다가 시골에 사는 윤이라는 또래 친구를 만나 식물들이 어떻게 씨를 퍼뜨리는지 배우고, 봉숭아 씨를 멀리 퍼뜨릴 수 있도록 도와준다.
한결이가 가져온 봉숭아 씨앗을 누나 은결이는 서울에 사는 친구 진아에게 보내고, 진아는 은결이에게 강낭콩을 보낸다. 둘은 강낭콩과 봉숭아를 키우면서 식물의 한해살이 모습을 지켜보고, 서로의 우정을 더 크게 키워 간다.
한편 시골 토박이인 윤이는 숲 속에 사는 동물들의 유일한 사람 친구이다. 가을날 윤이는 숲 속에 놀러 왔지만, 다들 겨울 준비에 바쁘다. 겨울이 되자, 동물들은 두툼한 털옷을 입기도 하고, 겨울잠을 자기도 하면서 각자 다른 방법으로 겨울을 난다. 그런데 심술꾸러기 멧돼지가 동물들을 괴롭힌다. 가을에 모아 두었던 다른 동물의 먹이를 훔쳐 먹고, 겨울잠 자는 동물들을 깨우기도 한다. 윤이는 숲 속 동물들을 도와 멧돼지를 혼내주기로 한다.
한결이는 자신의 사슴벌레가, 윤이는 자신의 장수풍뎅이가 더 멋지다고 자랑한다. 둘은 결국 직접 키운 어른벌레로 누가 더 강한지 겨루기로 한다. 한결이는 윤이네 장수풍뎅이보다 더 크고 멋지게 키우기 위해 열심히 돌본다. 알에서 깬 애벌레에게 꼬박꼬박 먹이를 주고, 번데기가 되어 나무속에서 잠을 자는 사슴벌레를 잠자코 기다려 준다. 드디어 어른벌레가 된 사슴벌레. 윤이의 장수풍뎅이도 만만치 않게 컸다. 사슴벌레와 장수풍뎅이의 결투, 과연 누가 이길까?
『자연아 자연아 나 좀 도와줘』 속 한결이와 은결이, 윤이, 진아와 함께 놀다 보면 어느 순간 자연 박사가 될 것이다.