《은하철도 저 너머에》는 시작부터 존재 자체와 우주 또는 세계의 성립에 관해 직접 질문을 던진다. 내 주위에 있는 세계는 무엇인가, 이 세상에 존재하는 것은 오로지 자신뿐인 것은 아닐까. 결국 이 세상은 누군가가 꾸고 있는 꿈이 아닐까 하는. 그리고 누구나 한번은 생각한 적이 있을 법한, 이들 철학적 질문에 대한 답을 수많은 이야기로 펼쳐 보인다.
또한, 반복되는 열차 안의 묘사와 불친절한 장면 전환, 장면마다 '나'라는 화자가 누구인지를 계속 생각하지 않으면 안 되게 만들기도 한다. 그러고는 도저히 현실적이지 않은 세상을 묘사하면서 그것이 사실일지도 모른다는 기대를 하게 하면서도 마지막까지 아무것도 알려주지 않는 것이다.
결국 논리적인 귀결이나 수많은 장면과 등장인물의 연관성을 찾는 것 자체가 불가능한 이유는 결론에서 나온다. 우주선 안에서 타임슬립을 반복하는 한 우주비행사의 꿈속이거나 아니면 그가 펼쳐 본 책의 내용일 수도 있다는 등의 다양한 생각을 하게 하기 때문이다. 어쨌든 간에 그것은 단순한 꿈이 아니라 지구의 과거와 미래를 한 인간의 사고로 응축한 것임은 틀림없다.

"연재가 끝날 무렵 다시 읽어보니 앞뒤가 맞지 않았습니다. 도중에 생각이 변하기도 해서 애초 예정과는 상당히 다른 곳에 착륙했습니다. 어떻게 수정할까 생각하고 있었는데 동일본 대지진이 일어났고, 결국 ‘세상은 원래 앞뒤가 맞지 않는다’는 뜻인가 하고 생각했습니다."
― 다카하시 겐이치로

《은하철도 저 너머에》는 6년 동안 문학잡지에 연재되었고, 다시 2년의 수정 기간을 거쳐 출간된 작품이다. 무려 8년 동안 이 작품을 쓴 지은이는 문학잡지와 한 인터뷰 내용처럼 《은하철도 저 너머에》는 어떤 논리적 귀결이 없음을, 그리고 처음에 던진 철학적 질문도 사실은 명확한 답이 없다고 시인하기도 했다.
비록 지은이의 인터뷰가 그러함에도 이 작품에서는 곳곳에 여러 중요한 개념이 보이는 데, 그중 하나가 '언어'이다. 등장인물들은 모두 다양한 형태로 언어와 싸우고 언어에 집착한다. 우주선에서 해체되어 가는 자신을 지키기 위해 <수기>를 쓰는 남자, 매일 <책>을 써야만 살아남을 수 있는 골짜기 마을 사람들, 세계를 은밀하게 조종하는 무리에게 대항하기 위해 <장대한 이야기>를 만들어 가는 나 등등. 이 작품에서 자신의 존재를 지키는 유일한 수단으로, 언어가 '존재' 자체와 동일시되는 것이다. 그러나 다양한 등장인물이 언어를 필사적으로 구사하고, 붙잡으려 하고, 어떻게 해서든 정착시키려 하지만 어느 순간 포기하게 된다. 이 순환이 의미하는 바는 세상에 태어나 말을 배우고, 사랑하며 살아가고, 서서히 의식이 해체되어 죽어가는 인간의 일생과 다를 바 없기 때문이다.