주인공 보라는 여름방학을 신나게 보내고 싶어 마음이 한껏 들떠 있다. 그런데 방송작가인 엄마가 급한 원고를 맡는 바람에 제주도 여행이 취소돼버린다. 아빠가 유학중인 보라네 집은 보라와 엄마 단둘이 지내고 있다. 엄마가 바빠 보라는 유난히 아빠를 좋아하고 따랐다. 이렇게 엄마가 바빠서 약속도 지키지 못할 때는 더더욱 아빠 생각이 나고 엄마가 미워진다.
그런데 옛 친구의 펜션으로 초대를 받은 후 엄마가 이상해졌다. 바쁘다면서도 일거리를 싸들고 펜션으로 가겠다고 결정하지를 않나, 예쁜 옷을 사지를 않나, 그런 엄마가 보라는 어쩐지 수상하다는 생각이 든다. 그래도 단짝 친구인 수빈이, 은지도 함께 가게 되어 보라는 날아갈 듯이 즐겁다.
펜션에 도착해보니 엄마의 옛친구인 멋진 아저씨가 맞아주었다. 보라는 즐거운 와중에도 엄마와 아저씨의 사이가 왠지 불안하다. 아빠도 없는 데다 엄마와 아저씨의 사이가 너무 가까워보였기 때문이다. 그런 보라에게 엄마는 아빠를 깊이 사랑하고 있으니 걱정하지 말라고 다독여준다. 그제서야 보라는 좀 안심이 되는 기분이다.
보라는 아직 사랑이 뭔지 모르고 남학생들에게도 그다지 관심이 없다. 그런데 다음날 보라, 수빈이, 은지, 이 세 명의 말괄량이 앞에 멋진 남학생이 나타난다. 바로 아저씨의 아들 현우이다. 아이들은 모두 현우에게 잘 보이려고 애를 쓰고 함께 펜션 주위를 돌아다니며 즐거운 시간들을 보낸다.
펜션에 묵는 몇 일 동안 보라는 엄마를 좀더 이해할 수 있게 된다. 엄마에게도 첫사랑이 있고, 어린 시절이 있다는 것을 알게 된 것이다. 지금 보라가 첫사랑에 빠지듯 아저씨도 엄마에게 어린 시절의 추억이라는 것을 이해하면서, 보라는 훌쩍 크게 된다. 그렇게 열두살의 여름은 첫사랑의 감정과 엄마에 대한 이해로 보라를 한층 성숙하게 만들어준다.