CSI 3기 아이들은 드디어 어린이 형사 학교에서의 생활을 시작합니다. 처음 나간 백골 사체 발견 현장에서
증거 하나 얻지 못하고 허탕을 치고, 금은방 도난 사건을 맡아 수사하지만 진척이 없자
자신들이 계속 수사하다 범인을 놓치진 않을까 걱정하며 자신 없어 합니다. 게다가 수사에 관심 없어 보이는
태산이가 차원이는 점점 더 거슬립니다. CSI로서 잘 해나갈 수 있을까 고민하는 마리와 하수,
감정의 골이 깊어져 가는 차원이와 태산이. 사건을 해결하면서 고민하고 서로를 조금씩 알아 가는
CSI 3기 아이들의 이야기가 따뜻하게 펼쳐집니다.

사건 ① 백골 사체의 한을 풀다! 핵심 과학 원리 : 우리 몸의 뼈
형사 학교에서 바쁜 생활을 이어 가는 CSI 3기 아이들. 처음으로 실제 사건의 수사를 돕게 됩니다. 야산에서 발견된 백골 사체의 신원을 밝히고, 범인을 잡는 것. 과학수사연구소의 최상민 박사가 뼈만 보고도 성별과 키, 나이를 알 수 있다고 설명하고, 어수선 교감이 피해자가 광대뼈 축소술을 받은 흔적이 있다고 지적합니다. CSI 아이들은 사체의 뼈에 남은 흔적을 통해 피해자의 억울한 죽음을 밝혀내는 과정에 한몫합니다.

사건 ② 반점의 원인을 찾아라! 핵심 과학 원리 : 분자와 분자량
TV 요리 프로그램에 출연하며 조금씩 이름을 알린 요리는 어느 날 이산 그룹 이영산 회장의 생신 파티에 초대받습니다. 회장의 손자인 이상준이 CSI를 정말 좋아하기 때문이었습니다. 파티에 간 요리는 상준이와 친구 사이라는 고차원을 만나고, 이 회장이 비소 중독 증세를 보인다는 것을 알아냅니다. 누군가 이 회장의 음식에 소량의 비소를 넣었을 가능성이 커, 주방 아주머니들을 조사하지만 증거가 나오지 않습니다. 비소 중독의 원인을 밝히지 못하고 포기하려는 순간, 생각지 못한 음식이 원인이라는 것을 알아냅니다.

사건 ③ 금은방 털이범을 추적하라! 핵심 과학 원리 : GPS
마리는 동네에 있는 반짝 금은방에 도둑이 든 사건을 해결해 달라는 부탁을 받고, CSI 3기 아이들이 처음으로 이 사건을 맡아 함께 수사합니다. 유리창을 깨고 들어온 범인들이 보석을 훔쳐 보안 업체가 도착하기 전에 달아난 사건. 아이들은 수사를 펼쳐 용의자들이 탄 렌터카에 있던 블랙박스를 발견하고, 블랙박스에 찍힌 영상으로 현장에 갔었는지 밝혀내려 하지만 범인들이 렌즈를 테이프로 가려 놓아 실패합니다. 그러나 하수는 영상이 찍히지 않았더라도 블랙박스에 GPS 기능만 있으면 사건을 해결할 수 있다고 합니다.

사건 ④ 무인도 생존의 법칙 핵심 과학 원리 : 전기 저항
한 학기를 보낸 7월 어느 날. 어 교감은 아이들을 위해 특별 여행을 준비합니다. 아이들은 신이 나 따라갔지만 알고 보니 무인도에서 24시간을 버텨야 하는 수행평가였지요. 직접 먹을 것을 구하기 위해 마리와 하수는 산딸기를 따러 가고, 차원이와 태산이는 갯벌로 가 조개를 줍습니다. 조개 구이를 하려면 불을 피워야 하지만 차원이가 나뭇가지를 아무리 열심히 비벼도 불이 붙을 기미가 안 보입니다. 여태까지 무슨 일에든 시큰둥하게 굴던 태산이가 나서서 건전지와 껌 종이를 이용해 불을 피우고, 나머지 아이들은 놀라워합니다.