1928년 파나마의 수도 파나마시티에서 태어났다. 외교관인 아버지를 따라 몬테비데오, 리우데자네이루, 워싱턴, 산티아고, 부에노스아이레스 등 세계 여러 곳을 돌아 다니며 성장했다. 다양한 문화와 정치적 교양을 쌓았지만 푸엔테스의 어머니와 아버지는 그가 모국어를 잊지 않도록 하기 위해 집에서 스페인어만 사용하게 했다. 또한 멕시코 역사에 관한 책들을 주며 역사에 관한 교육도 잊지 않았다. 이러한 성장 배경이 지금의 푸엔테스를 있게 했다. 열여살 때 멕시코로 돌아왔지만 그가 직접 본 멕시코의 현실은 그가 공부한 내용에서보다 더 암울했다. 멕시코 국립대학에서 그는 법학을 전공했으나 친구들과 어울려 술을 마시거나 멕시코 현황에 대해 토론하는 데 시간을 주로 보냈다. 한때 마르크스주의를 지지해 공산당에 가입하여 국제노동기구 멕시코 대표로 활동하기도 했다.

1958년 『공기가 청명한 지역』을 발표하며 본격적으로 작품 활동을 시작한 후 『아우라』, 『아르테미오 크루스의 최후』, 『라우라 디아스의 세월』, 『의지와 운명』 등을 발표하며 멕시코 국가 문학상, 세르반테스 문학상 등 스페인어권 최고의 상들을 휩쓸었다. 주로 멕시코의 정체성에 대해 성찰해 온 그는 정치 사회에 대한 시각뿐만 아니라 문학적으로 완벽한 구조, 실험적인 형식으로 평론가들에게 찬사를 받으며 라틴아메리카의 거장으로 자리매김했다. 소설가 외에도 문학 비평가, 시사평론가, 교육자 등 다양한 직업을 넘나들며 재능을 발휘했고, 프랑스 주재 멕시코 대사로 임명되는 등 정치인으로도 활약했다. 라틴아메리카를 대표하는 지식인이자 작가로 폭넓은 활동을 했던 그는 2012년 5월 15일 멕시코시티에서 지병으로 사망했다.