이 소설은 제목 그대로 우리 문학사에 불멸의 천재이자 "사람이 비밀이 없다는 것은 재산 없는 것처럼 가난하고 허전한 일이다"란 자신의 말처럼, 하나의 난해한 수수께끼로 남아 있는 "박제가 되어버린" 천재 이상을 소재로 하고 있다. 그러나 이 소설은 전기소설과는 거리가 멀다. 『꾿빠이, 이상』의 주인공이자 중심화자는 이상이 활동한 시대에서 몇십 년을 건너뛰어 2000년대 현재를 살아가며, 이상이 남긴 흔적을 추적해가는 세 명의 인물이다. 『꾿빠이, 이상』은 「데드마스크」「잃어버린 꽃」「새」등 세 편의 이야기로 구성되어 있는데, 각 편마다 각기 다른 세 명의 주인공이 화자로 등장하는 특이한 구성을 취하고 있다. 첫번째 이야기『데드마스크』는 이상이 죽은 후 제작되었으나, 지금은 그 행방을 알 수 없다는 데드마스크의 소재와 데드마스크를 제작한 인물, 그것의 진위 여부를 둘러싼 사건을 다루고 있으며, 우연한 계기로 이 사건에 말려들게 된 기자 김연(화)이 화자 역할을 하고 있다. 이상이 사망한 도시 도쿄를 배경으로 한 두번째 이야기『잃어버린 꽃』은 무명 시인이자 아마추어 이상 연구가인 서혁민이란 인물이 주인공으로 등장한다.(첫번째 이야기에 '가짜' 데드마스크를 들고 등장하는 서혁수는 그의 동생이다.) 열광적인 이상 추종자였던 서혁민은 평생을 이상의 시와 삶을 모방하려고 애쓴 특이한 인물로 이상이 죽은 곳인 도쿄를 찾아가 『이상을 찾아서』란 수기 한 편과 이상의 작법을 모방해 쓴 시 「오감도 시 제16호 실화」를 남기고 자살로 생을 마감한다. 세번째 이야기 「새」는 「오감도 시 제16호 실화」의 진위 여부를 둘러싼 논쟁을 다루면서(여기에 앞에서 서혁민이 쓴 「오감도 시 제16호 실화」가 다시 등장한다.) 그에 연계시켜 『참조로서의 이상 텍스트』란 연구서의 저자이자 재미교포 출신의 학자로 이 이야기의 화자인 피터 주의 출생의 비밀과 관련된 아이덴티티 문제를 이야기하고 있다.

『꾿빠이, 이상』은 이런 식으로 세 편이 이야기로 구성되어 있는데, 이 세 이야기를 공통된 소재인 '이상'을 연결고리로 서로 유기적으로 탄탄하게 얽혀 있다. 작가 김연수는 이상의 일생과 작품에 관한 이야기를 세 편의 이야기 곳곳에 등장시키면서, 이상이 우리 문학사에 영원히 남을 불멸의 천재가 되어 '부러진 날개로 솟구쳐 오를 수 있었던 것'은 그가 어떤 비밀을 간직하고 있었기 때문이란 암시를 강하게 드리운다. 세 편의 이야기를 거치며, 퍼즐을 짜맞춰가듯 이상의 비밀을 추적해나갔을 때, 마침내 드러나는 결론은 우리에게 기묘한 충격을 안겨준다. 그 결론은 "이상은 소설을 창작한 게 아니라 앞으로 쓸 소설처럼 자신의 삶을 먼저 창작했다는 것", 즉 '이상'이란 위대한 천재 작가는 "얼굴 하얀 아이"인 김해경(이상의 본명)이 소설을 쓰듯 창조해낸 인물, 일종의 가면이었으며, 이상의 작품은 그 부사물에 불과하고 김해경은 '천재 이상'이란 가면을 쓰고 자신의 삶을 판돈으로 건 채 한평생 도박(사기)을 했다는 사실이다. 얼굴 하얀 아이 김해경은 진짜와 가짜, 혹은 실재와 허구의 경계에 대한 어떤 '비밀'을 알았기에, 그리고 그 '비밀의 힘'이 있었기에, 자신의 운명을 거슬러 "부러진 날개를 가지고 영원한 작가 이상이라는 어둠을 향해 날아오를 수 있었다"는 것이다.