바닷가 마을에 아빠와 단둘이 살고 있는 열네 살 소녀 린. 어느 날, 린은 아빠가 일하고 있는 해양박물관에서 꼬마 바다거북을 만나게 된다. 자신처럼 외로워 보이는 꼬마 바다거북에게 ‘토리’라는 이름 지어 주는 린. 이름이 마음에 드는지 입술을 빠끔거리는 꼬마 바다거북을 보며 린은 서로 마음이 통했다는 느낌을 받는다. 린은 언젠가 텔레비전에서 보았던 것처럼 토리와 텔레파시를 시도하고, 린의 진심은 기적처럼 토리의 마음에 닿게 된다.

신비한 경험을 하고 집으로 돌아온 린은, 아빠에게 암수 한 쌍의 바닥거북이 바닷가에서 포획되었던 당시의 일을 들으며 토리를 고향 바다로 돌려보내기로 결심한다. 1년 전 인터넷에서 만난 수호천사라는 아이디를 가진 친구를 기억해 내는 린. 소행성에서 온 어린왕자라고 자신을 밝혔던 수호천사는 세상에 분명 존재하지만 보이지 않는 것들에 관한 여러 가지 신비로운 이야기들을 들려준다. 수호천사에게 토리와 텔레파시가 통한 일을 적어 보내는 린. 수호천사는 텔레파시에 관한 이야기들을 들려주며, 텔레파시를 통해 린이 토리를 바다로 보내 줄 수 있는 길을 열어 준다. 어렵사리 토리를 탈출시키는 데 성공하지만 앞으로 토리가 해쳐 나아가야 할 험난한 여정에 마음이 아파오는 린.

린은 태풍이 불어 닥칠 것이라는 기상예보를 접하고 걱정에 휩싸인다. 바다에서 헤엄치는 것조차 익숙하지 않은 토리가 태풍을 무사히 피해 갈 수 있을지……. 잠시도 마음을 놓을 수 없는 린은 텔레파시 능력을 키워 가며 바닷속 토리의 위치를 추적해 간다. 하지만 고향까지 갈 수 있는 바닷길을 이탈해 폭풍과 마주친 토리는 혹등고래에게 잡아먹히며 산전수전을 겪게 되고. 토리를 지켜 주지 못했다는 죄책감은 린의 마음을 흔들어 가슴 깊이 존재하는 상처를 끄집어내게 한다.

암에 걸렸지만 배 속의 아이를 살리기 위해 방사선 치료를 거부했던 엄마. 린은 그런 엄마를 이해할 수 없었다. 아이를 살리기 위해 자신을 포기하는 엄마. 그런 엄마를 지켜보며 아무것도 하지 못하는 아빠. 어린 린이 감당하기엔 너무나 힘든 현실이었다. 린의 슬픔은 엄마 배 속에 있는 동생에게로 향했고, 린은 엄마를 빼앗아 가지 말라고, 차라리 죽어 버리라고 말했다. 토리를 찾아 심해 속을 헤매던 린은, 그렇게 자신의 어둠과 마주하게 되고, 토리를 살리기 위해 그리고 살아남기 위해 거친 바다를 헤엄쳐 나가게 된다.