『하늘이여 땅이여』는 도쿄대학교 동양문화연구소에서 컴퓨터 시스템 장애가 일어나면서 시작된다. 전문가들은 간단한 문제라고 생각했지만 아무도 해결방안을 찾지 못한다. 세계적으로 유명한 프로그래머이자 도쿄대학교가 자랑하는 천재 ‘기미히토’는 자신만이 시스템 장애를 해결할 수 있다는 사명감을 가지고 나서지만, 기술적으로 할 수 있는 것이 없다는 사실에 절망한다.

이윽고 그는 연구소에 있던 한 쌍의 토우가 장애를 일으키고 있는, 과학적으로 설명할 수 없는 기묘한 사실에 의문을 품게 되고 그 비밀을 풀기 위한 여정을 떠난다.

기미히토는 한국을 방문하여 ‘사도광탄’이라는 신비한 인물을 만나 일제강점기 당시 일본이 물리적인 침략, 침탈뿐 아니라 대한민국의 근본을 모두 끊어 놓기 위해 주술적인 저주까지 마다하지 않았단 사실을 듣게 된다. 대한민국의 역사를 왜소하게 만들려는 목적으로 고조선의 존재를 부정하거나, 팔만대장경을 빼앗으려 했던 지난 역사가 지금에까지 대한민국의 역사 보전에 악영향을 끼치고 있다는 사실 역시 드러난다.

소설은 이와 동시에 대한민국 금융시장을 붕괴하려는 해외 주가 조작 세력과의 갈등으로 뻗어 나간다. 위기를 극복하기 위해 성별과 국적이 다른 기미히토와 사도광탄, 그리고 대학생 해커 ‘수아’가 한 팀이 되어 만난다. 이들은 금융시장 붕괴로부터 대한민국의 위기를 막으려 고군분투하면서 현재 일어나고 있는 모든 상황의 이면에 과거의 음모와 현재의 갈등이 복잡하게 얽혀 있음을 깨닫는다.

과연 이들은 한국 경제를 마비시키려는 국제 펀드세력과 고유문화를 말살하고자 하는 일본의 악의적인 음모를 막아낼 수 있을 것인가.